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楼主 Author: damao4361556
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[配置讨论] 8173M or 8175M

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-29 08:54:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 damao4361556 于 2020-7-29 09:04 编辑
sobereva 发表于 2020-7-29 03:18
8179M价格合适的话可以买

8179M 卖家报价4500左右。基于2颗 8179M的机器,一套下来 26000左右。。。。
卖家说的是 8179M 正式版



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发表于 Post on 2020-7-29 10:25:08 | 只看该作者 Only view this author
damao4361556 发表于 2020-7-28 14:55
8179m 正式版的  卢老师推荐的那个淘宝卖家

我也是看了推荐去询问的那家,那家TB卖家产品写的库存有货,想下单一问没货。不知道是因为做不成生意了,还是就是这么厉害您问问题爱答不理的,消息看完也不回复。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-29 11:17:26 | 只看该作者 Only view this author
akang 发表于 2020-7-29 10:25
我也是看了推荐去询问的那家,那家TB卖家产品写的库存有货,想下单一问没货。不知道是因为做不成生意了, ...

你问的是哪家淘宝店啊

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发表于 Post on 2020-7-29 14:37:02 | 只看该作者 Only view this author
damao4361556 发表于 2020-7-29 11:17
你问的是哪家淘宝店啊

嘉*科技

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发表于 Post on 2020-7-29 14:46:53 | 只看该作者 Only view this author
服务态度的确不怎么样,哈哈。

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发表于 Post on 2020-7-30 21:37:20 | 只看该作者 Only view this author
一个组装服务器的商家,能对于VASP并行,用24核心和28核心处理器,
讲出来6的倍数之类的话,应该是看过关于VASP并行效率的资料的。
不过他可能无法准确描述,为何24核心28核心处理器最比较的时候,6的倍数之类的多重要,
然后表述的语句可能有歧义。

做一个分析。
首先说明,如果你用VASP,但是对于以下提到的概念没有任何概念,那你就慢慢算吧,没必要去研究如何算的快,
反正算的慢,就有更多的时间来划水了。

VASP的并行分好几个维度,
想要更深入了解,自己看手册好了。

假定一个计算中,指定完基组后,VASP报告NBANDS 180个,也许和你自己数的不同,但是程序一般会弄成偶数个。

想算的快呢,合理划分一下并行设定呗。

如果是双路24核心,合计有48个核心。
180 bands,分4组,每一个组有45bands,每一个band用12个核心计算。
完成一组计算,先后跑三个12核心,再跑1个9核心,那么某个时间段内,空闲3个核心。

如果是双路28核心,合计有56个核心。
同样4组,每一个组45bands,每一个band需要14核心,会需要3趟14核心,最后一趟3核心,空闲11核心。
如果分8组,每一个band需要7核心,4趟7核心,最后一趟2核心,空闲5核心。

看到没有,28核心中,会有更多的核心不干活。

那么回头来卡看干活的核心中,
14核心,会比12核心快很多吗? 不一定过,CPU密集型的计算,和主频高低有很大关系。
一般而言,核心越多的处理器,主频可能稍微低一些。

可以推测,中等尺度,比如180bands这个例子,24核心处理器会比较快。
其他情形可以自己推理哦。

那么56核心平台上,可以采用其他分组吗?
分5, 6组,核心数不能整除,然后,程序会立即报错哦。  
分2组,可能比较慢哦。

一般而言,对于核心数做分解,如果因子存在类似7这样的(只能被自身和1整除,鄙人才疏学浅,搞不清楚是素数还是质数),
在规划高效率并行计算的时候,就比较麻烦。

当然,如果你对于高效率计算,没有兴趣,
只要能算就行,那就请忽略如上信息。

特别留意,以上言论来自于我个人的有限的测试结果,不代表适用于其他情形。

另,适当设置分组数目,并行核心数目,可以十分明显提升VASP效率。
这种提升会打破传统的认识。
传统认识是,8个核心,需要10小时;16核心,最快需要5小时。
VASP中合理设定,可以实现,24核心,需要8小时;48核心,可能需要3小时不到。

以下视频中,提到一个案例。
视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1DK411J7tN
在双路24核心处理器,合计48CPU核心机器上,
采用默认输入文件,24核心,耗时1万多秒;
根据硬件,做合理调整后,48核心,耗时310秒。
加速效果如何,你细品。

特别留意,以上加速效果,未必对所有案例都适用。
我自己不会用VASP,只会把别人给我的输入文件,放进去运行。


特别留意
这里提到的针对硬件的并行优化方案,
仅仅适用于VASP纯MPI版本,以及VASP MPI+OpenMP混合并行版本。
其他程序是否适用,未知。

目测对高斯必定不适用。

目测,对于高斯,
G09使用12~16核心,效率最佳,注意,不是所有核心哦;
G16,使用所有核心,效率最佳。
对于以适用G16的场景,核心越多越好了。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-1 00:50:35 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2020-7-27 22:05
三硬盘方案,是鄙人推荐的。

另,全程CPU密集型计算,还能指望全核心睿频?

个人已亲测,合适地调节NCORE NPAR 可显著提高计算速度。

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发表于 Post on 2020-8-1 02:35:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2020-8-1 10:38 编辑
abin 发表于 2020-7-30 21:37
一个组装服务器的商家,能对于VASP并行,用24核心和28核心处理器,
讲出来6的倍数之类的话,应该是看过关 ...

请问8171m呢?8171m应该比8175m 和8173m都好吧,   咋感觉很少人用8171m

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发表于 Post on 2020-8-1 04:28:27 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2020-8-1 02:35
请问8171m呢?8171m应该比8175m 和8173m都好吧咋感觉很少人用8171m

性能是如此。
但需要华擎板子
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发表于 Post on 2020-8-1 04:36:19 | 只看该作者 Only view this author
提醒一下看回帖者,勿把跑VASP的情况当做普遍情况。
量化类程序、MD类程序都绝对没有核数必须是6的倍数最优的情况。例如并行核数对Gaussian不同类型任务速度的影响测试见http://bbs.keinsci.com/thread-4841-1-1.html
基于平面波的第一性原理类程序,并行涉及到k点分配、band分配、平面波分配、FFT格点的分配等,故而并行方式的控制对性能影响可调余地大,尤其是核很多的情况、跨节点的情况(例如对于QE看User's Guide for Quantum ESPRESSO和Notes on parallel computing的ppt)。对于不同情况怎么设置性能最优,和买服务器的时候买多少核的机子合适不能混为一谈。
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发表于 Post on 2020-8-1 08:43:22 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2020-8-1 02:35
请问8171m呢?8171m应该比8175m 和8173m都好吧咋感觉很少人用8171m

不了解,不清楚。
也许正如卢大侠提到,需要特殊的主板适配。

就我个人而言,
我一般指定超微主板,因为有IPMI or BMC管理。
一两台机器,而且是放在脚边用的场景,就无所谓了。

如果是好几台,还放在机房,机房又不能随便出入,
那么有IPMI/MBC接口,就很好用了。

对了,戴尔的貌似叫做iDrac,需要额外付费的。
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发表于 Post on 2020-8-1 10:39:25 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2020-8-1 08:43
不了解,不清楚。
也许正如卢大侠提到,需要特殊的主板适配。

请问使用华擎主板会降低其性能吗?

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发表于 Post on 2020-8-2 00:20:44 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2020-8-1 10:39
请问使用华擎主板会降低其性能吗?

不清楚 不了解。
问懂行的人吧。
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发表于 Post on 2020-8-9 05:25:42 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2020-8-1 10:39
请问使用华擎主板会降低其性能吗?

不会
服务器主板是永擎,是以前从华擎分出去的。华擎目前做的是消费级产品。
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发表于 Post on 2020-8-22 04:40:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-28 06:34
“并行计算要求CPU是6的倍数”根本没这回事,完全是奇谈怪论,除非特殊应用场合。居然卖服务器的人能说出这 ...

我觉得6的倍数这应该是因为7是一个素数不利于openMP层面的并行计算,于是取6,传到后面就变成是6的倍数了

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