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[GROMACS] 求助Gromacs的氢键判断标准和Ligplot+的不同点

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本帖最后由 yogurt 于 2020-7-30 22:43 编辑

请问老师,我找到了Gromacs的氢键判断标准是 。然后我使用LigPlot+想可视化,在Edit里面有Runtime parameters可以设定氢键的判断标准,但是确是限定两个距离参数,所以不知道怎么设定成和Gromacs一样的判断标准, 。还有后面的非键作用的参数有没有相应的论文,不知道这个参数是否适合我的蛋白质体系。谢谢

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发表于 Post on 2020-7-28 22:34:11 | 只看该作者 Only view this author
根据中学的几何知识就能算出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-29 00:09:36 | 只看该作者 Only view this author
老师,Gromacs中规定的maximum donor-acceptor distances 也就是这里的R是0.35nm,现在我想求maximum hydrogen-acceptor,也就是r, 可是d是固定的么?一直都是1?不然的话,怎么求出最大的H-A距离?

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发表于 Post on 2020-7-29 08:48:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-7-29 08:50 编辑

认真阅读原始文献J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 2778–2786,该文章引用的HBPLUS那篇文献J. Mol. Biol. 1994, 238, 777–793上面介绍的非常详细清楚怎么确定氢键。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-29 15:42:31 | 只看该作者 Only view this author
文献里我只找到这么一句,感觉没法算出来我需要的东西,这就是HBPLUS给出的准则,但是我是想根据Gromacs的30度和0.35nm推出H-A的最大距离,HBPLUS里面的距离和我计算H-A距离没什么关系的。

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