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[GROMACS] 求助,伞状取样时,那个力拉伸的方向到底是向哪的

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我模拟的是在CNT管口的位置固定了一个Mg,我想把它往管子内部拉伸,pull                 = yes
pull_ncoords            = 1        
pull_ngroups            = 2        
pull_group1_name    = MG   
pull_group2_name    = CNT   
pull_coord1_type      = umbrella  
pull_coord1_geometry   = distance  
pull_coord1_dim         = N N Y
pull_coord1_groups      = 1 2
pull_coord1_start       = yes      
pull_coord1_rate        = 0.001     
pull_coord1_k           = 2093      

离子在管子左侧,这个F把离子拉向左侧,远离CNT,离子在右侧时,这个F把离子拉向右侧,也在远离CNT。
当把 pull_coord1_rate  变为 -0.001时,离子才真正往里面拉。所以,这个F拉伸的方向是沿着z的正方向?还是说,两个物质质心距离增大的方向就是F拉伸的方向

QQ截图20200729225044.png (29.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

在管子左侧

在管子左侧

QQ截图20200729225322.png (23.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

在管子右侧

在管子右侧

QQ截图20200729225451.png (45.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

pull_coord1_rate = -0.001

pull_coord1_rate = -0.001

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2#
发表于 Post on 2024-5-3 22:32:44 | 只看该作者 Only view this author
是group1和group2的相对位置,+1是相对变远,-1是相对靠近。或者说拉为正压为负

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