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补充说明一下，正好最近在做LAMMPS-GPU效率的相关测试。
1. 感知上从2018年开始，LAMMPS与GROMACS在GPU加速这一块的差距被拉大了，GROMACS现在在做一般任务时显著快于LAMMPS。
这其中的原因主要在于目前的GROMACS能够把大多数操作放到GPU上去做，包括但不限于-pme, -pmefft, -nb, -bonded, -update。但是lammps里从bond到dihedral并没有很多函数可以放到GPU上去计算，neighborlist更新也没有明显地看到放到GPU计算的关键词（lmp -h > test.txt，检索关键字neigh 或 modify，没看到相应gpu加速关键词）。
2. 在有双精度特化的计算卡（如A100, V100, A30等）时候，请优先选择KOKKOS搭配GPU加速，这是因为有一部分成键势是KOKKOS PACKAGE支持的（如bond_style harmonic/kk, angle_style harmonic/kk），但仍然有很多不支持，如gaff对应的proper和improper二面角。
3. 在GPU PACKAGE下，单卡+多核效率需要测试。正如前面所说，一部分更新是放到CPU计算的，需要同时测MPI+OMP的数量。 根据体系是不一样的，这主要在于哪些部分可以放到GPU上计算。哪些需要多核CPU。像我目前的体系竟然是这个最快：mpirun -n 4 lmp -sf gpu -pk gpu 1 opm 2 <input.in>output.out
4. 正是因为KOKKOS的一些成键势能是不支持的，所以有时KOKKOS GPU会更慢。 |
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发表于 Post on 2022-9-23 20:16:13
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