求助AMBER模拟原子距离太近问题

chenjinfeng850 · 发表于 Post on 2020-8-14 23:09:51

caroline 发表于 2020-8-14 11:05
您好，我想请问一下，在有坐标文件和拓扑文件的情况下，怎么看结构呢

vmd 导入坐标和拓扑坐标就可以了
amber的话建议先把坐标转换成pdb再导入拓扑

caroline · 发表于 Post on 2020-8-16 19:39:34

chenjinfeng850 发表于 2020-8-14 23:09
vmd 导入坐标和拓扑坐标就可以了
amber的话建议先把坐标转换成pdb再导入拓扑

那怎么将坐标转换成pdb呢？

chenjinfeng850 · 发表于 Post on 2020-8-16 21:16:17

caroline 发表于 2020-8-16 19:39
那怎么将坐标转换成pdb呢？

AMBER 有个ambpdb可以转

caroline · 发表于 Post on 2020-8-17 19:23:04

chenjinfeng850 发表于 2020-8-16 21:16
AMBER 有个ambpdb可以转

谢谢！

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