求助电解液中Li离子溶剂化结构的画法

adong · 发表于 Post on 2020-8-1 22:51:08

如附件图片所示，d，e分别是无、有添加剂的溶剂化结构，文献中说是MD的snapshot：Snapshot of Li[size=6.0299pt]+’s fifirst solvation shell (d) without and (e) with DTD additives, where the DTD can replace the PC solvent in the first solvation shell.我有两个疑问：
1.这个结构直接从MD结束后的轨迹中截取Li和周围的分子画出来的吗？意思是不需要再对这个结构单独进行构型的优化？
2.溶剂化结构周围的一圈（溶剂化鞘）是静电势吗？如果不是该怎样做类似的效果呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-2 03:36:55

1 如果文中没说做了优化，就是没有优化
2 看起来是，并且越红的地方静电势越负

adong · 发表于 Post on 2020-8-2 16:48:48

谢谢sob老师。

xjw · 发表于 Post on 2021-7-11 09:08:35

您好，我最近在做锂离子溶剂化，但是lammps导入VMD后我不知道该怎么看出溶剂化结果，请问您知道怎么操作嘛

adong · 发表于 Post on 2021-7-11 10:32:25

xjw 发表于 2021-7-11 09:08
您好，我最近在做锂离子溶剂化，但是lammps导入VMD后我不知道该怎么看出溶剂化结果，请问您知道怎么操作嘛

可以统计Li粒子的配位数，可视化用vmd的选择命令选取Li离子周围4埃内的分子

xjw · 发表于 Post on 2021-7-11 13:06:12

adong 发表于 2021-7-11 10:32
可以统计Li粒子的配位数，可视化用vmd的选择命令选取Li离子周围4埃内的分子

锂离子在不同溶剂中的配位数不同的啊。这个一般怎么确定啊

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[建模与可视化] 求助电解液中Li离子溶剂化结构的画法

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