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[GROMACS] 坐标文件在模拟的过程中出现了断键问题,求助解决办法?

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使用了来自atb网站的拓扑文件和pdb文件,在进行溶剂的动力学模拟后,观察跑完npt模拟的gro文件时,乙二醇等出现了断键的情况,在mdp文件中键的设置为constraints              = h-bonds,寻求解决办法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-8 14:37:46 | 只看该作者 Only view this author
使用constraints              = all bonds时并没有出现断键的情况

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发表于 Post on 2020-8-9 05:21:09 | 只看该作者 Only view this author
看到底怎么断的。如果只是距离稍微偏长,导致VMD没判断成成键,把力常数设大点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-9 09:41:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-9 05:21
看到底怎么断的。如果只是距离稍微偏长,导致VMD没判断成成键,把力常数设大点

我看主要是边界的问题,出现了断键,键之间没有了键长的显示,如果不修改力常数,
这种情况会影响结果的分析吗?

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发表于 Post on 2020-8-10 05:53:25 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-8-9 09:41
我看主要是边界的问题,出现了断键,键之间没有了键长的显示,如果不修改力常数,
这种情况会影响结果的 ...

没有截图,看不懂你的描述
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-10 19:30:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-10 05:53
没有截图,看不懂你的描述

老师就是这样的,在模拟的过程中没有报错,在边界出现了断键?
如果我用vmd分析氢键是不是结果会不够准确

1597056569(1).png (7.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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发表于 Post on 2020-8-11 06:55:47 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-8-10 19:30
老师就是这样的,在模拟的过程中没有报错,在边界出现了断键?
如果我用vmd分析氢键是不是结果会不够准 ...

就是被周期性截断了而已。trjconv加上-pbc mol处理一下轨迹就完整了。
VMD分析氢键的功能是没法考虑周期边界条件的(即没法考虑跨盒子的氢键),因此不管怎么做,用VMD分析氢键都不可能严格合理,虽说实际问题不大。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-11 23:50:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-11 06:55
就是被周期性截断了而已。trjconv加上-pbc mol处理一下轨迹就完整了。
VMD分析氢键的功能是没法考虑周期 ...

好的谢谢老师,如果修改代码的话,是不是只需要在设置原子这块修改?这种以及类似问题会在培训课中涉及到吗?

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发表于 Post on 2020-8-12 07:58:21 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-8-11 23:50
好的谢谢老师,如果修改代码的话,是不是只需要在设置原子这块修改?这种以及类似问题会在培训课中涉及到 ...

课上不提,此问题过于特殊

找到判断原子的部分代码改了之后重新编译就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-12 16:35:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-12 07:58
课上不提,此问题过于特殊

找到判断原子的部分代码改了之后重新编译就完了

好的,谢谢老师。

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