用脚本在不同版本gromacs下生成跑remd所用tpr，514无法生成而2018.4可以生成的问题

弓烨弘

用脚本在不同版本gromacs下生成跑remd所用tpr，514无法生成而2018.4可以生成的问题 2018.4可以正常生成，而514提示Fatal error:
Invalid T coupling input: 3 groups, 1 ref-t values and 3 tau-t values
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

使用的命令是./do_tpr_remd.sh < temperature.txt

mdp的内容是define =
integrator = md
dt         = 0.002   ; ps
nstcomm    = 100
nsteps     = 250000000
comm-grps  = system
comm-mode  = Linear
energygrps =
;
nstxout = 250000
nstvout = 250000
nstfout = 0
nstlog  = 250000
nstenergy = 50000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = Protein mol
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.0
vdwtype       = Cut-off
rvdw          = 1.0
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2 0.2 0.2
tc_grps = Protein mol Water_and_ions
ref_t                    = 430.79 430.79 430.79
;
Pcoupl     = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = all-bonds
constraint-algorithm     = Lincs
lincs-order              = 4
lincs-iter               = 1
;
Velocity generation
gen_vel = yes
gen_temp                 = 430.79
gen_seed = -1


txt文件的内容是
0        310.00
1        312.26
2        314.54
3        316.82
4        319.12
5        321.40
6        323.73
7        326.07
8        328.42
9        330.78
10        333.16
11        335.54
12        337.94
13        340.36
14        342.79
15        345.24
16        347.70
17        350.17
18        352.65
19        354.90
20        357.42
21        359.94
22        362.48
23        365.03
24        367.60
25        370.19
26        372.79
27        375.40
28        378.03
29        380.67
30        383.33
31        385.99
32        388.68
33        391.38
34        394.10
35        396.83
36        399.58
37        402.34
38        405.12
39        407.91
40        410.72
41        413.55
42        416.39
43        419.25
44        422.06
45        424.94
46        427.87
47        430.79


sh的内容是
while read replica temp
do
name=tmp.$$
( grep -B 1000 ref_t md.mdp | grep -v ref_t ; echo "ref_t                    = $temp $temp $temp" ;\
grep -A 1000 ref_t md.mdp | grep -v ref_t ) > $name
mv $name md.mdp
( grep -B 1000 gen_temp md.mdp | grep -v gen_temp ; echo "gen_temp                 = $temp" ;\
grep -A 1000 gen_temp md.mdp | grep -v gen_temp ) > $name
mv $name md.mdp
# See if we have input coordinates
coordinates=conf.gro
if [ -f remdrun${replica}.gro ] ; then
  coordinates=remdrun${replica}.gro
fi
gmx grompp -f md.mdp -c ../pr.gro -p ../topol.top -o topol${replica}.tpr
done

rm -rf \#*


感觉自己撞到了墙上，因为计算资源的问题必须使用514，求助各位大神，求助各位大神，求助各位大神～

sobereva

看起来像bug，ref_t里的三个数只读了一个

怎么解决不好说。试试自己机子上装个5.1.4，看看能否生成tpr，能的话直接放到服务器上用。

弓烨弘

感谢大神
这个问题确实是如你所说的，ref_t写了三个但是gromacs只能读一个，2018就没有这个问题。这个报错就是在我自己机子上及服务器上重复都出现的，我再试试能不能克服！感谢！！！

弓烨弘

sobereva 发表于 2020-8-11 06:42
看起来像bug，ref_t里的三个数只读了一个

怎么解决不好说。试试自己机子上装个5.1.4，看看能否生成tpr， ...

您好我想再追问一下～
gromacs官方文档里有这么一句：Execution Steps
1.make a set of .mdp files, each specifying a different temperature being used. Number the output .tpr files according to index, from 0 to whatever (i.e., if have 10 different temperatures have prefix_0.tpr, prefix_1.tpr ... prefix_9.tpr).
如果脚本改不好，用笨办法的话，设置和副本数相同多的mdp，然后每个mdp文件对应更改温度相关的项目，能通过这样的笨方法达到和脚本同样的效果，成功生成若干tpr用作remd计算吗