求助有机物和自由基反应物复合物的建模

fond

求助1.双分子反应（有机物和自由基），现已找到了有机物的几个反应位点，不知如何对反应物复合物进行建模，如何摆放它们的位置？
2.尝试了将它们分别优化后，放在一起，自由基放在反应位点附近位置（不是太近），但是opt freq后，它们连在了一起，这样对吗？
3.知道反应物复合物和过渡态的区别，但是在建模上心里总是觉得它们很相似，摆不成，求助🙏

zjxitcc

自由基与正常分子放一起优化，一般都会成键，而且不一定有过渡态。既然你已经连在了一起，就是中间体/产物了。可以用柔性扫描将这根键慢慢拉长，看看有没有突变点，没有的话就不太可能存在过渡态了。