求助Martini力场itp参数不理解请赐教

freemangran

本人新手玩家，目前在学习粗粒化，但看到这个教程时：
原文链接http://cgmartini.nl/index.php/tu ... g-new-molecule-gmx5


以下内容为我找到的DPGS的itp文件，由于才疏学浅，里面有一些参数我完全不知道来历，希望有专业人士可以帮忙告诉我一下，或者留下联系方式。如果有做相关内容的同行，可以加个好友互相交流学习，谢谢。
标红的是我不明白的，后面的绿色是我个人的见解。

[ moleculetype ]
DPGS               1
[ atoms ]
    1          P4    1    DPGS     C1     1         0        72.0000
    2          P1    1    DPGS     C2     2         0        72.0000
    3          P1    1    DPGS     C3     3         0        72.0000
    4          P1    1    DPGS    AM1     4         0        72.0000
    5          P5    1    DPGS    AM2     5         0        72.0000
    6          C3    1    DPGS    D1A     6         0        72.0000 ; corrected (C3 instead of C1), oct 2013
    7          C1    1    DPGS    C2A     7         0        72.0000
    8          C1    1    DPGS    C3A     8         0        72.0000
    9          C1    1    DPGS    C4A     9         0        72.0000
   10          C1    1    DPGS    C1B    10         0        72.0000
   11          C1    1    DPGS    C2B    11         0        72.0000
   12          C1    1    DPGS    C3B    12         0        72.0000
   13          C1    1    DPGS    C4B    13         0        72.0000

[ bonds ]
;    1    2   1  0.3    30000（个人理解是健长和键能    但对应不上 ）
;    1    3   1  0.3    30000
;    2    3   1  0.3    30000
    3    4   1  0.57   20000
    4    5   1  0.27   20000 ; AM1-AM2
    4    6   1  0.29   20000 ; AM1-D1A ; corrected (0.29 instead of 0.37), oct 2013
    6    7   1  0.470  1250
    7    8   1  0.470  1250
    8    9   1  0.470  1250
    5   10   1  0.37   20000 ; AM2-C1B ; corrected (0.37 instead of 0.29), oct 2013
   10   11   1  0.470  1250
   11   12   1  0.470  1250
   12   13   1  0.470  1250            

[ angles ]
   1     3     4    2    50.00  200.00 ; ring flipping （这里有两个键角数据 实在是没明白）
   3     4     5    2    85.00   25.00 ; link to lipid
   3     4     6    2   150.00   30.00 ; link to lipid
  10     5     4    2   129.00  200.00 ; linkage
   4     6     7    2   180.00   25.00
   6     7     8    2   180.00   25.00
   7     8     9    2   180.00   25.00
   5    10    11    2   180.00   25.00
  10    11    12    2   180.00   25.00
  11    12    13    2   180.00   25.00

[ dihedrals ]
1 3 4 5 1   125.0    10.00 1 ; ring orientation   

[ constraints ]   （这里我理解是这三个珠子成环 所以有限制）
   1    2   1  0.3   
    1    3   1  0.3   
    2    3   1  0.3   

freemangran

找到了另外一个文献的附加信息，说得更详细，但是那个funct没了解是什么意思，查了gromacs的手册也没有找到详细的说明。
[bonds]
; i j funct length force.c.
1 2 1 0.47 1250
2 3 1 0.47 1250
3 4 1 0.47 1250
4 5 1 0.47 1250
[angles]
; i j k funct angle force.c.
1 2 3 2 180.0 25.0
2 3 4 2 180.0 25.0
3 4 5 2 180.0 25.0

sobereva

freemangran 发表于 2020-8-14 09:34
找到了另外一个文献的附加信息，说得更详细，但是那个funct没了解是什么意思，查了gromacs的手册也没有找到 ...

function type
仔细看gmx手册介绍拓扑文件的部分，都说了

freemangran

sobereva 发表于 2020-8-17 09:15
function type
仔细看gmx手册介绍拓扑文件的部分，都说了

谢谢老师，我再仔细阅读一下那个部分。