求助：gramacs有没有办法让分子与分子之间形成的氢键可视化？

邱美佳 · 发表于 Post on 2020-8-16 11:51:30

gramacs有没有办法让分子与分子之间形成的氢键可视化？

naoki · 发表于 Post on 2020-8-16 15:04:42

本帖最后由 naoki 于 2020-8-17 09:45 编辑

gromacs没有可视化界面，用VMD可以显示Hbonds

随风 · 发表于 Post on 2020-10-19 16:36:00

naoki 发表于 2020-8-16 15:04
gromacs没有可视化界面，用VMD可以显示Hbonds

您好，我用gromacs统计了氢键的总数，有没有命令统计分子间氢键的命令啊

cx218 · 发表于 Post on 2020-11-9 11:21:35

你好，你找到统计分子间氢键的命令了吗？

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-9 12:54:07

cx218 发表于 2020-11-9 11:21
你好，你找到统计分子间氢键的命令了吗？

# gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md-whole.xtc -pbc whole （输出可供分析的结果）
#1 13 system （选择待分析的体系）
# gmx hbond -s md.tpr -f md-whole.xtc -num hbond.xvg（两组化合物间分子间氢键的形成数目）
# xmgrace hbond.xvg （绘图查看，没有装软件也可以直接拷贝出来，excel作图）

cx218 · 发表于 Post on 2020-11-9 16:06:45

感谢

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