Gaussian-ORCA-xTB联用进行ONIOM计算

Alizzard

winnerwill 发表于 2020-12-7 11:09
就是看看输入文件是不是在传输后不是Linux格式而是Windows格式的行尾符.
比如进入运行目录,执行以下命令 ...

哦，我看了 ONIOM-ggx.gjf在我这是ASCII的。应该是高斯16C版本问题，或者是我这个安装包有问题。

Alizzard

winnerwill 发表于 2020-12-7 11:09
就是看看输入文件是不是在传输后不是Linux格式而是Windows格式的行尾符.
比如进入运行目录,执行以下命令 ...

哦，我试过用dos2unix转了ONIOM-ggx。gjf这个算例，ASCII格式。在G16A可以跑，在G16C就不行。
我用unix2dos转成ASCII CRLF，用G16A也可以顺利跑通。
应该是高斯问题，或者我这个G16C安装包就有问题。

tkaray

感谢分享！
最近在用这个脚本尝试计算一个5000原子的体系的时候，L层的scf要占据很久的时间（甚至有不收敛的情况），才想到可以备份restart文件的方法。
因为gaussian在计算的时候会调用xtb交替计算H层和L层，所以如果在脚本中添加restart_bak2和restart_bak文件，分别由移动restart_bak和restart得到，再在计算前将restart_bak2移动为restart，就可以在再次调用时读取上次的结果作为初猜了。这样看起来能节省很多时间。
xtb的restart默认是打开的，有问题读取失败大概也不会boom（未测试过）。

abcdedg

winnerwill 发表于 2020-12-3 16:14
你试了按我在6L说的改了吗？很可能是这个环境变量的设置问题。
在xtb.sh开头加
export KMP_STACKSIZE= ...

xtb和gaussian连用，我发现原子个数变多之后（比如大于80个），计算会自动终止，最后一行输出：
Extracting data from xtb outputs via extderi

按您的方法，将ulimit -s unlimited和export KMP_STACKSIZE=4000000000加入到提交脚本中(batch文件)，问题解决。感谢！

michaelm

请问大家，这种联用，可以使用EmbedCharge吗？

winnerwill

michaelm 发表于 2022-11-17 04:50
请问大家，这种联用，可以使用EmbedCharge吗？

可以。ONIOM后头加=EmbedCharge。比如：
#P ONIOM(External="sh ./orca.sh" : External="sh ./xtb.sh")=EmbedCharge Opt(nomicro)

michaelm

embedcharge的话，charge应该从底层级计算里提取，作为点电荷加入到高层级计算里，对吧？我没看到代码里有这个内容呀。