离子晶体的离子键怎么考虑呢？/拓扑文件

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-18 17:32:02

1.MS导出离子晶体pdb后在VMD中打开是不显示离子键的，那么离子键要怎么体现出来呢？在lammps里在date文件中体现还是力场文件呀，一团浆糊？
2.拓扑文件是啥意思呀，都包含哪些内容呢？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-8-19 00:46:44

VMD的问题可以看这个http://sobereva.com/534
另外lammps的是data文件，也就是lammps中的拓扑文件，里面一般包含盒子参数，原子坐标，原子电荷，成键关系等。离子键的成键关系要体现在data文件中的bond里，具体的成键参数则要在bond_coeff里体现。详细的参考手册就好

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-20 15:22:40

Lacrimosa 发表于 2020-8-19 00:46
VMD的问题可以看这个http://sobereva.com/534
另外lammps的是data文件，也就是lammps中的拓扑文件，里面 ...

感谢噢！

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