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[Lammps] 求助REAXFF、生成物统计、作图问题

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发表于 2020-8-20 15:30:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
Q1.REAXFF可以用来模拟两种反应物的化学反应过程吗,是不是必须得先有对应元素得力场文件?
Q2.如有多种反应生成物,如何统计归纳最后的产物分别是啥,有多少 呢?
Q3.文献里好多图片都好好看,不知道是啥软件做出来的?
微信图片_20200820152739.png
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发表于 2020-8-20 18:42:26 | 显示全部楼层
1、可以,是
2、可以自己写脚本对轨迹进行后处理统计,也可以用类似于lammps中的species命令的方式统计
3、一般的分子可视化软件都可以做,比如VMD

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发表于 2020-8-20 22:52:26 | 显示全部楼层
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“REAXFF/生成物统计/作图软件”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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发表于 2020-8-20 22:53:31 | 显示全部楼层
Chemical Trajectory Analyzer可对Lammps的ReaxFF模拟结果进行统计分析:https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
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 楼主| 发表于 2020-8-21 08:53:07 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2020-8-20 18:42
1、可以,是
2、可以自己写脚本对轨迹进行后处理统计,也可以用类似于lammps中的species命令的方式统计
3 ...

1.力场文件里是不是必须要包含可能生产物的相关信息呢
2.有木有例子可以分享一下呢
3.VMD似乎做不出这种效果呀,有木有其它推荐的软件
万分感谢回复!

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 楼主| 发表于 2020-8-21 08:53:36 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-8-20 22:52
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

谢谢!

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 楼主| 发表于 2020-8-21 09:31:58 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-8-20 22:53
Chemical Trajectory Analyzer可对Lammps的ReaxFF模拟结果进行统计分析:https://sourceforge.net/projects ...

谢谢社长,再请问您一下这个有木有教程呀,然后对离子晶体体系适用嘛

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发表于 2020-8-21 11:12:30 | 显示全部楼层
WB1040720479 发表于 2020-8-21 08:53
1.力场文件里是不是必须要包含可能生产物的相关信息呢
2.有木有例子可以分享一下呢
3.VMD似乎做不出这 ...

ReaxFF只包含元素级别的相关参数,不过使用的力场最好在拟合的时候和你的体系比较相近

VMD甚至可以做出比这个好得多的效果

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 楼主| 发表于 2020-8-21 12:04:51 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2020-8-21 11:12
ReaxFF只包含元素级别的相关参数,不过使用的力场最好在拟合的时候和你的体系比较相近

VMD甚至可以做 ...

emmmmm,如果是元素级别的,是不是说只要是由这几种元素组成的物质都可以适用这个力场呀,还是说一种力场只是针对某一种体系的。关于VMD可能是我还不太了解哈哈,土木学生陆陆续续学了一年的分子模拟,到现在还是很迷茫。

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发表于 2020-8-21 13:47:53 | 显示全部楼层
WB1040720479 发表于 2020-8-21 12:04
emmmmm,如果是元素级别的,是不是说只要是由这几种元素组成的物质都可以适用这个力场呀,还是说一种力场 ...

理论上是的

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发表于 2020-8-21 17:02:48 | 显示全部楼层

请问一下,最后用反应力场下用lammps输出的xyz文件放到vmd怎么才能显示键的信息呢,我放进去以后都是vmd自己瞎连的。。。

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 楼主| 发表于 2020-8-21 19:28:19 | 显示全部楼层
zxs1127 发表于 2020-8-21 17:02
请问一下,最后用反应力场下用lammps输出的xyz文件放到vmd怎么才能显示键的信息呢,我放进去以后都是vmd ...

https://blog.csdn.net/qq_3134642 ... earnPai2-6.nonecase

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发表于 2020-8-22 09:45:32 | 显示全部楼层
WB1040720479 发表于 2020-8-21 19:28
https://blog.csdn.net/qq_31346429/article/details/105635208?utm_medium=distribute.pc_relevant.none ...

谢谢,但是这个只是前期的输入文件的转化呀,lammps最终输出的xyz文件放到vmd还是无法正常显示键信息

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 楼主| 发表于 2020-8-22 15:39:21 | 显示全部楼层
zxs1127 发表于 2020-8-22 09:45
谢谢,但是这个只是前期的输入文件的转化呀,lammps最终输出的xyz文件放到vmd还是无法正常显示键信息

你是做什么材料的呀

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发表于 2020-8-22 15:41:53 | 显示全部楼层
聚合物氧化的,我把输出xyz文件放到vmd,键就自己瞎连。。。。我做的是氧化过程,好多键断裂,新键形成,VMD这么搞肯定不行
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