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[GROMACS] gromacs的rerun不支持模拟退火 求解

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本帖最后由 naoki 于 2020-8-26 13:00 编辑

我跑完逐渐升温使晶体在溶剂中溶解的动力学,想用gmx energy提取一下晶体分子的potential随模拟时间变化,需要设置能量组然后rerun一下来完成,但是我这个过程有模拟退火,跑rerun的时候程序出错,提示:“Simulated annealing not supported by rerun”。请问该如何提取退火过程单一组分的能量变化呢,难道只能用CPU版设置好能量组重新跑吗,我这个70ns感觉纯CPU版要跑好久。关掉退火倒是可以跑,但是不知结果靠不靠谱,还请各位老师指点,谢谢!
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发表于 Post on 2020-8-27 01:30:36 | 只看该作者 Only view this author
rerun只是对每一帧计算能量,和退火没直接关系。把退火设置去掉,重新rerun
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-27 09:21:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-27 01:30
rerun只是对每一帧计算能量,和退火没直接关系。把退火设置去掉,重新rerun

谢谢sob老师,试了一下确实是这样的
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发表于 Post on 2024-10-24 11:11:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,naoki老师,怎样实现:把退火设置去掉,重新rerun

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