计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7347|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 求助: AMBER中用gaff力场构建高分子时mainchain.dat构建环状分子的语法

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

130

eV
积分
142

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
    各位老师好,题主在用amber的gaff力场构建一个有机高分子时遇见一下问题:按照官网常规方案构建时会发现单体键连处的6元环会开环(非键连处的6元环不会出现问题),我认为问题出现在mainchain.dat里面,当单体里面有环状分子时应该在这个文件里面指定,关键词好像是“LOOP”,但是我忘记具体语法了,手册和教程里面也没具体介绍。请问有那位老师记得具体用法吗?

我的建模流程是:
2.#HF/6-31G* SCF=tight Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt
3.
antechamber -i 4a.log -fi gout  -gv 0  -o 4A-2.mol2 -fo mol2 -c resp -s 2 -nc 0 -m 1 -rn 4A
4.
parmchk2 -i 4A-2.mol2 -f mol2 -o 4A.frcmod


tleap -f leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff
4A = loadmol2 4A-2.mol2
check 4A
loadamberparams 4A.frcmod
check 4A
saveoff 4A 4A.lib
saveamberparm 4A 4A.prmtop 4A.rst7

5.antechamber -fi gout -fo ac -i 4a.log -o 4A.ac -c resp -pf y

6.
prepgen -i 4A.ac -o 4A.prepi -f prepi -m mainchain-middle.4A -rn 4A -rf 4A.res
prepgen -i 4A.ac -o 4AH.prepi -f prepi -m mainchain-head.4A -rn 4AH -rf 4AH.res
prepgen -i 4A.ac -o 4AT.prepi -f prepi -m mainchain-tail.4A -rn 4AT -rf 4AT.res

我认为问题出现在第6步的 mainchain-middle.4A文件(这个文件应当指定loop,实在不行就只能用leap中的bond命令强行键连了)这个文件如下:
HEAD_NAME O4
TAIL_NAME C24
OMIT_NAME O16
OMIT_NAME C34
OMIT_NAME H57
OMIT_NAME H58
OMIT_NAME H59
OMIT_NAME C33
OMIT_NAME H54
OMIT_NAME H55
OMIT_NAME H56
PRE_HEAD_TYPE C
POST_TAIL_TYPE O
CHARGE 0.0


12

帖子

0

威望

130

eV
积分
142

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-27 18:54:50 | 只看该作者 Only view this author
没找到删帖按钮。  我排除这个问题了,问题不是出在mainchain  文件,出错原因是我的单体结构太复杂,键连成高分子的过程中相邻残基的糖环扣在一起了,所以看上去有个糖环开环了。   用translate等命令解决了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 05:29 , Processed in 0.246475 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list