求助MCPB.py计算RESP的时候报错

caroline

请问各位老师，我在计算MCPB.py计算RESP的时候，出现报错：=========================Checking models==========================
***Check the large model...
Good. The charges and atom numbers are match for the large model.
Good. There are 100 atoms in the large model.
***Check the standard model...
Traceback (most recent call last):
  File "/public/software/amber20/amber20/bin/MCPB.py", line 685, in <module>
    premol2fs, mcresname, 1, chgfix_resids, g0x, lgchg)
  File "/public/software/amber20/amber20/lib/python2.7/site-packages/pymsmt/mcpb/resp_fitting.py", line 521, in resp_fitting
    raise pymsmtError('Error: the charges and atom numbers are mismatch '
pymsmt.exp.pymsmtError: Error: the charges and atom numbers are mismatch for the standard model!

这是什么原因呢？
谢谢！

DoubeeTwT

你的电荷和原子数目不匹配，最后一行结尾有报错信息

八月的雨季

the charges and atom numbers are mismatch for the standard model

18217265596

您好 我遇到了同样的报错 你解决了吗之前的

Albert0906

在$AMBER/lib/python3.9/site-packages/pymsmt/mcpb/resp_fitting.py的“if len(stlist) != len(stdict):”下面加“print(str(len(stlist)));print(stlist);print(str(len(stdict)));print(stdict)"检查stlist和stdict，如果pdb里原子名重复会令stdict的与stlist长度不一致，此时需要修改pdb中重复的原子名字

zxczxc

你好，我也遇到同样的问题，请问你是怎么解决的呢

zyz1303911576

zxczxc 发表于 2025-4-1 20:02
你好，我也遇到同样的问题，请问你是怎么解决的呢

检查输入文件中需要单独保存为pdb的结构（如每个金属离子、与金属配位的小分子等）的氨基酸编号是否与其他部分的氨基酸编号重复，或者一个氨基酸编号中是否有重复的原子名称。

SUOLQWEE

很有可能是pdb文件和fingerprint文件中，小分子配体或者残基里有重复的原子，例如小分子的C没有编序号，手动改为C，C1，C2等即可。