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[综合交流] 求助,有关激发态反应机理计算的问题

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本帖最后由 dumsky2019928 于 2020-9-4 22:32 编辑

预测的反应机理如下:如图1,在光照(激发态)下,C21和C22为自由基的二氢蒽醌与一氧化二氮形成桥环化合物。如图2,在光照(激发态)下,环己烷自由基中的C34将“蒽醌”中的O23H25羟基夺取下来,即形成C34O23键,断裂C22O23键
我的目的是验证在光照(激发态)下,环己烷自由基中的C34将“蒽醌”中的O23H25羟基夺取下来,即形成C34O23键,断裂C22O23键;以及,若该过程可以发生,则想要获取“夺取羟基”后,体系的结构。
我的问题是:
1.图1中的结构是在0 3,UDFT下优化而来,级别为b3lyp/def2sv,请问这一结果是否为该桥环化合物T1的结构?
2.无法确认图2中体系基态的自旋多重度是2还是4,应该如何验证?
3.图2中“C34将蒽醌中的O23H25羟基夺取下来”这一步骤是否可以通过柔性扫描验证?若可以,假设激发态体系为四重态,应在0 4以及UDFT下计算(想节省时间),还是写成0 1结合TD(tetra)来计算?
提前感谢老师与同学的指点!

图2.png (256.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

图2

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发表于 Post on 2020-9-4 20:17:00 | 只看该作者 Only view this author
1. 对,不过为什么要用def2SV?应该加极化函数,def2SVP或def2SVPP
2. 分别算两个自旋多重度下的能量,取能量较低的那个
3. 验证指的是验证是否能成键吗?验证能成键,只需要做结构优化,能优化到成键的结构就行了,验证不能成键需要做柔性扫描。至于用UDFT还是UTDDFT,取决于你的体系的二重态和四重态哪个的多参考态性质更多,如果后者更多就用UTDDFT,如果前者更多或者两者差不多多就用UDFT
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-4 21:28:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dumsky2019928 于 2020-9-4 22:32 编辑
wzkchem5 发表于 2020-9-4 20:17
1. 对,不过为什么要用def2SV?应该加极化函数,def2SVP或def2SVPP
2. 分别算两个自旋多重度下的能量,取 ...

谢谢老师!
不加极化函数是因为我没有理解sv(p)的含义,又想节省时间,之后都会加上极化函数。
第三个问题是为了验证环己烷自由基中的C34能否将“蒽醌”中的O23H25羟基夺取下来,即形成C34O23键,断裂C22O23键能,很抱歉我的描述有些含糊

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发表于 Post on 2020-9-5 02:42:18 | 只看该作者 Only view this author
本身不存在叫做def2-sv的基组,def2sv是Gaussian里特有的写法,等于def2-SV(P),对重原子已经加了极化函数了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-9-5 09:50:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-5 02:42
本身不存在叫做def2-sv的基组,def2sv是Gaussian里特有的写法,等于def2-SV(P),对重原子已经加了极化函数 ...

我的锅我的锅,刚才验证了一下,def2sv和def2svpp等价,都是def2-SV(P)。
但是有意思的是def2tzv却真的是def2-TZV,不带极化函数,我怀疑是不是高斯把def2sv实现错了,本来想实现不带任何极化函数的版本。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-9-5 15:46:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-5 09:50
我的锅我的锅,刚才验证了一下,def2sv和def2svpp等价,都是def2-SV(P)。
但是有意思的是def2tzv却真的 ...

def2svp似乎是没有完全不含极化的版本的

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发表于 Post on 2020-9-5 15:47:47 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2020-9-5 15:46
def2svp似乎是没有完全不含极化的版本的

自定义把极化砍了就行,但这样就变成了6-31G这种没法用的玩意了

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发表于 Post on 2020-9-5 15:49:23 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-9-5 15:47
自定义把极化砍了就行,但这样就变成了6-31G这种没法用的玩意了

这种基组估计也就拿来测试有用了

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发表于 Post on 2020-9-5 18:46:25 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2020-9-5 15:46
def2svp似乎是没有完全不含极化的版本的

嗯我刚看了一下,确实没有,但不带def2前缀的SV是有的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2020-9-5 19:08:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-5 18:46
嗯我刚看了一下,确实没有,但不带def2前缀的SV是有的

估计是没法用的东西

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