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[Amber] 求助结果文件的含义:tleap结果文件

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发表于 2020-9-8 20:06:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 任嘉人amber 于 2020-9-19 20:38 编辑

各位老师好,我tleap运行成功了并没有报错,但是我看不懂结果文件中第一张图片3,4,5行这三行的参数是什么含义呢,我设置的盒子大小28.0埃又是在哪里体现的呢,这个是怎么个原理呢?Solvent has no box, so preparing by making box including vdw(Use 'setBox centers' first if box was pre-equilibrated),因为我自己建的一个溶剂盒子,这个的意思是我建立成功了么?为什么我改变盒子大小的时候,这个值Solute vdw bounding box: 却不变呢?Total bounding box for atom centers:和Solvent unit box: 表达的数值又是代表着什么含义呢?我该如何控制呢?谢谢各位老师了。
老师,那最后这张图total vdw box size这个数值是怎么得出来的呢?
1tleap问题.png
2.png
1600518236(1).png

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发表于 2020-9-9 06:27:13 | 显示全部楼层
例如z方向,14.6+2*28=70.6。即原本溶质z方向14.6埃,往两头扩28埃,最后是70.6埃

Solute vdw bounding box是由mol的坐标决定的,跟加多厚的盒子显然没关系。
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 楼主| 发表于 2020-9-11 16:07:59 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-9 06:27
例如z方向,14.6+2*28=70.6。即原本溶质z方向14.6埃,往两头扩28埃,最后是70.6埃

Solute vdw bounding  ...

老师,这个往两头扩的空间中会加有溶剂分子么,改变这个数值溶剂分子的数量就会改变吧

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发表于 2020-9-12 05:00:07 | 显示全部楼层
任嘉人amber 发表于 2020-9-11 16:07
老师,这个往两头扩的空间中会加有溶剂分子么,改变这个数值溶剂分子的数量就会改变吧

显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-12 05:00
显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知

好的,谢谢老师

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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-12 05:00
显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知

老师,我还有一个问题,就是这个缓冲区设定的大小与什么因素有关,如果不设置的话,是不是会与自身重合,为了避免和自己的重合才要设定这个缓冲区,一般设置的值大概在多少才是合理的呢?

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
任嘉人amber 发表于 2020-9-14 10:55
老师,我还有一个问题,就是这个缓冲区设定的大小与什么因素有关,如果不设置的话,是不是会与自身重合, ...

不让溶剂层有一定厚度的话,当前溶质就和相邻盒子里的镜像相互作用了,显然结果是虚假的。一般让溶质距离盒子边界至少1 nm,具体也看情况。
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 楼主| 发表于 昨天 20:12 | 显示全部楼层
本帖最后由 任嘉人amber 于 2020-9-19 20:39 编辑
sobereva 发表于 2020-9-16 09:34
不让溶剂层有一定厚度的话,当前溶质就和相邻盒子里的镜像相互作用了,显然结果是虚假的。一般让溶质距离 ...

老师,这个solvent unit box大小是由什么决定的,也是mol坐标决定的么?还有最后这个total vdw box size这个数值是怎么算的呢?

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发表于 6 小时前 | 显示全部楼层
任嘉人amber 发表于 2020-9-19 20:12
老师,这个solvent unit box大小是由什么决定的,也是mol坐标决定的么?还有最后这个total vdw box size ...

程序是把事先平衡好的溶剂盒子往当前体系的真空区域填充,solvent unit box是事先平衡好的溶剂盒子的尺寸。

total vdw box size怎么来的忘了。
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