计算Drude力场的分子构象能求助

fygfjhj · 发表于 Post on 2020-9-10 16:59:18

请问怎样计算Drude力场的分子构象能，相关psf及crd文件是用CHARMM-GUI生成的，尝试过在VMD里用NAMD Energy这个模块进行计算，但是报错显示：“FATAL ERROR: DIDN'T FIND vdW PARAMETER FOR ATOM TYPE HDP1A”，这句话意思明白，但这是什么原因呢，还有什么其他的办法计算吗，拜托指点一二，谢谢。

k64_cc · 发表于 Post on 2020-9-15 11:51:15

首先，麻烦定义一下分子构象能……

fygfjhj · 发表于 Post on 2020-9-24 21:01:45

本帖最后由 fygfjhj 于 2020-9-24 21:06 编辑

k64_cc 发表于 2020-9-15 11:51
首先，麻烦定义一下分子构象能……

conformational energy (bonds, angles, dihedrals, and impropers)

k64_cc · 发表于 Post on 2020-9-28 16:47:45

fygfjhj 发表于 2020-9-24 21:01
conformational energy (bonds, angles, dihedrals, and impropers)

就intra呗……写脚本手算吧，真的

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[综合交流] 计算Drude力场的分子构象能求助