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[GROMACS] gmx genion添加离子的问题?

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发表于 2020-9-11 22:22:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
gmx genion添加离子,盒子中有足够的水,添家离子的时候,添加的多的时候,显示无空间,这是为什么呢?

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发表于 2020-9-12 04:16:57 | 显示全部楼层
加入的浓度特别高的情况genion没法弄
改用packmol之类其它方式构建
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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-12 04:16
加入的浓度特别高的情况genion没法弄
改用packmol之类其它方式构建

那这种话,像氯离子,这种的pdb文件,直接用高斯画一个原子就行了?

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
努力向上的boy 发表于 2020-9-14 10:59
那这种话,像氯离子,这种的pdb文件,直接用高斯画一个原子就行了?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
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