MD结果分析方法求助——如何表征盖子结构开口大小变化

momian

        简单介绍研究背景：我将PEG嫁接在研究目标酶（结构信息来自PDB数据库）的Lys上，使用Gromacs进行了50ns的模拟。现在MD已经完成，我想找一种方法表征活性中心外的Lid结构的开口大小的变化。（如下图）
       目前进展：（1）看到一些文献直接通过对比模拟前后Lid区域的开口大小，说白了就是通过直接观察，我觉得难以有说服力。（2）还有的文献是分别选择Lid1和Lid2结构的原子，做出*.ndx索引文献，做出整个模拟过程中的Distance变化。可是我觉得种方法最多只能说明选定的氨基酸的距离变化，并不能表征Lid1和Lid2的距离变化。
       求助：（1）Gromacs中还有没有其他的分析方法可以达到我的目的或者优化上面（2）中的方法；
                 （2）是否有相关的文献报道类似的分析方法
       谢谢讨论！
                                                            

sobereva

写个脚本，对lid1的每个Calpha，计算与lid2的Calpha的最近距离。可以画个图，横坐标是lid1的Calpha，纵坐标就是距离值。比较一下嫁接前后这个曲线就很清楚了。
之后可以再提一些定量的指标衡量改变，比如lid1与lid2的Calpha-Calpha的最近距离，或者再算个RMS距离之类的。

（也可以不限于Calpha，就是统计lid1各个残基的原子与lid2原子的最近距离）

momian

sobereva 发表于 2015-10-18 23:01
写个脚本，对lid1的每个Calpha，计算与lid2的Calpha的最近距离。可以画个图，横坐标是lid1的Calpha，纵坐标 ...

谢谢回复，回复已看懂。

smutao

momian 发表于 2015-10-19 09:45
谢谢回复，回复已看懂。

你是苏大的？