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[新手求助] 请问用gview怎么画离子键

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发表于 2020-9-13 14:53:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 明园 于 2020-9-14 17:06 编辑

请问卢老师,像这种阳离子表面活性剂,它的亲水头基
-NH2·HCl
怎么画呢?
我画了 -NH3+ ,但是不知道 Cl- 不知道怎么往上加了。
是不是应该直接不加,然后在溶液里加阴离子保持电中性吗?
谢谢卢老师。


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发表于 2020-9-13 15:46:11 | 显示全部楼层
就画在NH3+旁边就行了,优化后会自发调节位置
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 楼主| 发表于 2020-9-13 16:57:04 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-13 15:46
就画在NH3+旁边就行了,优化后会自发调节位置

好的谢谢老师

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 楼主| 发表于 2020-9-14 17:05:51 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-13 15:46
就画在NH3+旁边就行了,优化后会自发调节位置

卢老师,优化出来的分子,我想用ATB网站得到itp文件,但是我上传文件后,提示错误:Your structure file could not be processed. Error was: Mol_Data Error: Missing connectivities for atoms [67]
老师,我优化的分子已附上。

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发表于 2020-9-14 18:26:10 | 显示全部楼层
明园 发表于 2020-9-14 17:05
卢老师,优化出来的分子,我想用ATB网站得到itp文件,但是我上传文件后,提示错误:Your structure file  ...

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 楼主| 发表于 2020-9-14 18:38:47 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-9-14 18:26
附件没有上传成功

谢谢你,请问是因为我优化的问题吗?错误提示67号原子连接度缺失。

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发表于 2020-9-14 21:39:56 | 显示全部楼层
明园 发表于 2020-9-14 18:38
谢谢你,请问是因为我优化的问题吗?错误提示67号原子连接度缺失。

67号原子是你的氯离子吗?

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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-9-14 21:39
67号原子是你的氯离子吗?

是的,最后的结构是个NH3+CL-

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
明园 发表于 2020-9-14 17:05
卢老师,优化出来的分子,我想用ATB网站得到itp文件,但是我上传文件后,提示错误:Your structure file  ...

本来就不应当把这个整体当做一个分子提交给ATB处理
你应当只提交阳离子部分,因为实际模拟中阴离子是游离的
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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-16 09:30
本来就不应当把这个整体当做一个分子提交给ATB处理
你应当只提交阳离子部分,因为实际模拟中阴离子是游 ...

好的谢谢老师
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