请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
第13届北京科音初级量子化学培训班将于10月5~8日于北京举办,请点击此链接查看详情。这是新人一次性正确、完整学习量子化学计算的最好、最快机会,能少走无数弯路,欢迎参加并相互转告!(已报满)

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 110|回复: 4

[Amber] 求助:packmol与amber联用的问题

[复制链接]

27

帖子

0

威望

77

eV
积分
104

Level 2 能力者

发表于 2020-9-13 21:47:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 任嘉人amber 于 2020-9-13 21:50 编辑

各位老师好,我用packmol构建了一个1:54的体系,packmol已经成功给出了我pdb,我看结构也是合理的,接着我用tleap直接载入这个packmol给我生成的pdb以及相关的力场参数,得到了prmtop和inpcrd文件,问题1:但是在跑动力学模拟的时候,第一步最小化就报了这个错,想问一下各位老师这是什么原因,我该怎么解决呢?
问题2:setbox和solvatebox有什么区别呢?


问题.png
问题.png

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
58601

管理员

公社社长

发表于 2020-9-14 06:31:31 | 显示全部楼层
packmol默认是不产生盒子信息的,用add_box_sides才能产生盒子信息,下文提了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

但即便是载入含有盒子信息(CRYST1字段)的pdb,leap也未必会将之视为当前的盒子信息(具体我忘了),没盒子的话,你又用ewald或其变体算非键作用,肯定是不行的。

setbox仅仅是设盒子,而solvatebox在创建盒子的同时还可以往真空区添加溶剂,也可以只往之前盒子的真空区域填充溶剂。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

27

帖子

0

威望

77

eV
积分
104

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-9-14 10:42:44 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-14 06:31
packmol默认是不产生盒子信息的,用add_box_sides才能产生盒子信息,下文提了
分子动力学初始结构构建程序 ...

老师,我试了一下在packmol里面加了这个命令add_box_sides,确实还是会出现同样的这个问题,那我应该怎么才能解决这个问题呢,我不太明白设置盒子的意义,只是单纯因为动力学模拟过程中我使用了ewald算非键作用么,这个跟周期性边界条件有关系么?

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
58601

管理员

公社社长

发表于 6 天前 | 显示全部楼层
任嘉人amber 发表于 2020-9-14 10:42
老师,我试了一下在packmol里面加了这个命令add_box_sides,确实还是会出现同样的这个问题,那我应该怎么 ...

动力学模拟基本知识太匮乏

2.png
22.png
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

27

帖子

0

威望

77

eV
积分
104

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-16 09:36
动力学模拟基本知识太匮乏

谢谢老师
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-9-22 15:59 , Processed in 0.153698 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表