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[GROMACS] 模拟纯水体系的表面张力数值是负的求助

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
卢老师,我想模拟纯水的体系的表面张力,建了一个7nm的盒子,用packmol装了5000个水,用的mdp文件是培训班里给的纯水-真空体系计算中的文件,但是我得到的数值是负的,请问您觉得是什么问题呢?

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
7nm的盒子如果是正方体,能装下的水分子数远不止5000个吧。用的NPT吗?

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
jimulation 发表于 2020-9-15 23:43
7nm的盒子如果是正方体,能装下的水分子数远不止5000个吧。用的NPT吗?

不是,用的NVT

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
jimulation 发表于 2020-9-15 23:43
7nm的盒子如果是正方体,能装下的水分子数远不止5000个吧。用的NPT吗?

你好,需要装满吗?

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“模拟纯水体系的表面张力”改了,以后务必注意

模拟表面张力显然不能装满盒子,否则根本都没有界面了

先把培训里的例子重复一遍。
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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-16 08:36
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

谢谢卢老师,卢老师我其实是要算加入表面活性剂的水溶液的表面张力
我的实验体系里没有用到油,所以我想能不能这样建模:水-表面活性剂-空气。
但我不清楚表面活性剂是随机扔在水里还是排列整齐在水的表面,卢老师你认为应该如何?
空气能用真空代替吗?
谢谢卢老师,万分感谢!

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
明园 发表于 2020-9-16 09:04
谢谢卢老师,卢老师我其实是要算加入表面活性剂的水溶液的表面张力
我的实验体系里没有用到油,所以我想 ...

空气肯定是用真空来描述,那么低的气体分子浓度不可能表现出来

你就算随机扔在水里,模拟一阵子之后也会自发变得排布有序,至于能否恰好铺满界面,那看表面活性剂的数目了
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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-16 09:22
空气肯定是用真空来描述,那么低的气体分子浓度不可能表现出来

你就算随机扔在水里,模拟一阵子之后也 ...

好的谢谢卢老师
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