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[新手求助] 请教高斯分步优化中报错202问题

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
本人是MD方向,量化小白,由于需要计算红外光谱使用G09计算64个水的freq。
为了提升速度,分步使用了HF/3-21G和wB97XD/6311G进行优化并使用wB97XD/6311G进行freq计算。
在低精度时优化顺利完成,使用wB97XD时出现l202.exe  Atoms too close. 报错
想请教各位如何解决此问题。

输入文件如下,
低精度

% mem=4gb
% nprocshared=12
% chk=wat_low_opt.chk
# opt HF/3-21G

water64 low opt

  0  1
O      0.00600000    3.97900000   12.44500000
H      0.02900000    4.24000000   11.52500000
H      0.13600000    3.03000000   12.42900000
O      7.62400000    9.10300000   11.92700000
H      8.11400000    8.46500000   12.44500000
H      6.74100000    9.08400000   12.29700000
O      3.75400000    0.32900000    4.25500000
H      4.65400000    0.00700000    4.20400000
H      3.48300000    0.14200000    5.15400000
O      3.60500000    6.22900000    7.55500000
H      2.80700000    5.71200000    7.66600000
H      4.24500000    5.60900000    7.20400000
O      3.07700000    0.46500000    0.49900000
H      3.89200000    0.02300000    0.26600000
H      2.40200000    0.00200000    0.00300000
O      0.47400000    5.06100000    7.73800000
H      0.00400000    4.45600000    7.16600000
H      0.00100000    5.88900000    7.65200000
O      8.12000000    5.54500000    9.77400000
H      8.26500000    6.44200000   10.07200000
H      8.96100000    5.27800000    9.40100000
O      0.69000000    2.06400000    0.33700000
H      0.91000000    2.90000000   -0.07500000
H     -0.04400000    2.26800000    0.91700000
O      8.74300000    2.71400000    9.98800000
H      9.67600000    2.57600000    9.82300000
H      8.58500000    2.29600000   10.83500000
O      3.86100000   11.07700000    0.13400000
H      3.62500000   10.15600000    0.02800000
H      3.04800000   11.55400000   -0.03800000
O      0.82500000    1.95900000    6.31100000
H      0.15700000    2.52700000    5.92600000
H      0.38400000    1.53600000    7.04800000
...

高精度

% mem=4gb
% nprocshared=12
% chk=low_bk.chk
# opt freq wB97XD/6-311G geom=check guess=read

water64 high opt

  0  1

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
基组严重不合理,达不到你所谓的预优化的目的,仔细看sob老师博文《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336

至于报错就不用管了,没啥用的计算,就不用管报错了
欢迎关注“量子化学”公众号,也欢迎投稿。

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喵星人

发表于 4 天前 | 显示全部楼层
首先,HF就不该用,然后振动分析用B3LYP 6-31G*或者6-31G**足够了,6-311G不加极化函数没法用,wB97XD算振动并不好

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-9-16 11:46
首先,HF就不该用,然后振动分析用B3LYP 6-31G*或者6-31G**足够了,6-311G不加极化函数没法用,wB97XD算振 ...

这个事情是这样的,这个基组的选择来源于文献,他用AIMD方法得到的轨迹作为了神经网络的初始数据,在神经网络进行MD计算传播红外光谱,所以只能和元模型进行对比。

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
ken2020 发表于 2020-9-16 15:23
这个事情是这样的,这个基组的选择来源于文献,他用AIMD方法得到的轨迹作为了神经网络的初始数据,在神经 ...

果然还就是炼丹呢

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
ken2020 发表于 2020-9-16 15:23
这个事情是这样的,这个基组的选择来源于文献,他用AIMD方法得到的轨迹作为了神经网络的初始数据,在神经 ...

盲目效仿文献=自杀

仔细看此文
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
很多初学者一个特别坏的毛病是唯文献是从、文献里说什么就是什么,甚至都感觉到文献里的做法有不合理之处,也不假思索地盲从文献的做法。正所谓尽信书不如无书,尽信文献不如无文献。不少文献里的东西都是错的,一些明显的错误以及不合理的做法甚至于出现在IF很高的期刊中(连JACS也一样)。牵扯到理论计算的文章那么多,哪可能所有文章的作者、审稿人同时都是专家,而且审稿人还都认真负责仔细评审?我特别反感的一个情况就是,有些初学者的计算方式明显是错的、用的计算级别明显是不合理的,给他指正,似乎还不服气,告诉我说“xxx文献里就是那么算的”。那些国际知名的很经典、很有名的基础性书籍或者专著,特别是那些出了好几版的书、作者名气很大的人写的书,存在错误的几率较低,初学者看这些书的时候即便盲信往往也没太大问题(但如果书的年代较早,里面有些观点是过时的),而文献里(特别是那些非行家写的)有错的几率那可太高了,盲目效仿文献注定要吃大亏。一个典型例子就是这篇JACS文章:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.8b04642,对一个小分子居然用MP2/STO-3G扫描势能面,用HF/3-21G找过渡态,稍微有点最基本常识的量子化学研究者都知道这是极度荒诞的,初学这要是效仿这篇文章用的计算级别算自己的体系,碰到稍微懂一点量子化学的审稿人,文章都会100%被打回去。

用HF/3-21G这种垃圾预优化没有丝毫意义,还不如用带色散作用的PM6变体、PM7或者GFN-xTB优化,还便宜得多,结果大概率还更好
6-311G这种垃圾基组没有丝毫实用价值,对水团簇做opt freq要想得到有实际意义的结果最起码也得用6-31G**
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