求助gromacs自己编好了力场参数文件和拓扑文件，建立盒子时输出的坐标文件是空的

Sasuke · 发表于 Post on 2020-9-16 21:48:40

自己编写了用于聚苯乙烯大分子的UA力场文件.itp和拓扑文件.top，但是在用genbox程序建立盒子的时候发现输出的坐标文件conf.gro中是空的如下，没有原子的坐标是怎么回事呢？是需要在gromacs软件的share/top目录下加入什么东西么？

调用genbox命令：
genbox4 -p 30ps50.top -o conf.gro -box 6.40000 6.40000 6.40000

输出的坐标文件conf.gro内容：
Generated by genbox
0
6.40000 6.40000 6.40000

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-9-16 23:36:20

Sasuke 发表于 2020-9-16 21:49
求回复

itp和top都属于拓扑文件，你在使用genbox的时候需要提供结构文件（gro/pdb）才会把分子放进去

Sasuke · 发表于 Post on 2020-9-17 08:54:20

Lacrimosa 发表于 2020-9-16 23:36
itp和top都属于拓扑文件，你在使用genbox的时候需要提供结构文件（gro/pdb）才会把分子放进去

怎么得到Pdb文件或者gro文件呢用materials studio嘛?

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-9-17 12:35:21

Sasuke 发表于 2020-9-17 08:54
怎么得到Pdb文件或者gro文件呢用materials studio嘛?

很多建模软件都可以获取

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-17 12:50:45

怎么还用那么老版本gromacs。genbox都是猴年马月的东西了

gview、avogadro、Chem3D等能画小分子结构的程序一大堆

Sasuke · 发表于 Post on 2020-9-17 14:52:29

sobereva 发表于 2020-9-17 12:50
怎么还用那么老版本gromacs。genbox都是猴年马月的东西了

gview、avogadro、Chem3D等能画小分子结构的程 ...

多谢社长

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