求助：gromacs在进行能量最小化时，分子出现了断裂

youxx189 · 发表于 Post on 2020-9-17 21:34:53

跑动力学，模拟两个分子堆积，结果在能量最小化输出文件X.gro中发现分子出现断裂，请教一下各位老师是什么原因，谢谢！本人新手，各位大神指教~

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-9-17 21:48:50

显示问题，不影响模拟，如果要回复原样可以使用trjconv -pbc mol

youxx189 · 发表于 Post on 2020-9-18 21:13:01

好的谢谢老师啊

youxx189 · 发表于 Post on 2020-9-18 21:13:54

Lacrimosa 发表于 2020-9-17 21:48
显示问题，不影响模拟，如果要回复原样可以使用trjconv -pbc mol

好的谢谢老师啊

半亩心田种清欢 · 发表于 Post on 2021-9-16 17:08:11

同学，您好，我想问一下，您这个问题解决了吗，是直接在gromacs中单独输入命令gmx trjconv -pbc mol就可以了吗

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[GROMACS] 求助：gromacs在进行能量最小化时，分子出现了断裂