npt平衡出现的构型问题

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-9-20 00:50:53

1.我想请问下各位老师，我在gromacs4.6以及gromacs2018两个版本分别对从ATB网站下载的同一个东西跑npt平衡，可是g_dist以及用gmx distance -s npt -f npt -select "com of resnr 1 to 3 plus com of resnr 3 5 6 7" -oav -oall算的两组分的距离却不一样。可是我观察npt平衡过程中构型相差的并不远啊，是两个版本的算法不同么？
2.我跑NPT平衡时二面角的设置分别是2 1 3 5，2 1 3 6，角度分别是180，但跑出来却不是180°

3.最后有一个杂问题，就是伞形抽样算PMF的时候算的是体系的PMF还是被牵引开的两组分之间的PMF呢？有每一步的数学推导公式么？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-20 07:55:35

1 4.6太久远了。gmx distance的selection语法都是后来才有的，和g_dist恐怕不好有可比性。实在弄不清楚就在VMD里用tcl脚本分析一下，和VMD里看到的图像直接对应

2 语义不明。不知道你用的什么势函数形式，180度指什么。跑起来总会有波动的

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-9-20 22:06:42

sobereva 发表于 2020-9-20 07:55
1 4.6太久远了。gmx distance的selection语法都是后来才有的，和g_dist恐怕不好有可比性。实在弄不清楚就在 ...

谢谢老师回复，刚才是我开始没说清楚。2.我是martini粗粒化力场，180°是二面角，但是整个平衡过程中都二面角没有达到过180°，都在90°左右，是我的设置问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-21 11:09:01

我不知道你跑的什么体系。试试把力常数增大

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-9-22 09:26:46

好的，谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] npt平衡出现的构型问题

浏览过的版块