硕士小分子纯模拟好难毕业啊

萧木

刚从师兄哪里听到消息，去年一个师兄做的纯模拟，差点二次答辩，老师问题是实验做的精度可以很高，模拟有什么用等等。我做的纯模拟，小分子之间的吸附，老师也不懂，gaussian一共也就学了几个月，实验数据也很少，模拟数据到时挺多，不知道明年能不能顺利毕业。

笙歌落

老师不懂是正常的，分子模拟在整个计算化学中也是很小众的圈子，毕竟很多人研究的都是量子化学，国内研究最多的分子模拟是高分子化学与物理的统计模拟，这是有历史原因的，是当年唐老开创的，现在在吉大，长春应化所等都有传承，你还得多看英文文献，国内分子模拟的中文文献很少，多用高斯做实验，看看能不能让你导师和纯实验组一起合作发论文，多攒点实验数据吧，加油

xiamiaoren

毕业都是小事，难的是毕业后要不要转行

萧木

xiamiaoren 发表于 2020-9-22 09:11
毕业都是小事，难的是毕业后要不要转行

理论计算肯定不做了，转研发是首选，其他的岗位不确定。同门有个准备去销售，工资还挺高。

granvia

笙歌落 发表于 2020-9-21 11:29
老师不懂是正常的，分子模拟在整个计算化学中也是很小众的圈子，毕竟很多人研究的都是量子化学，国内研究最 ...

分子模拟很小众？ 谁给你的勇气？

笙歌落

granvia 发表于 2020-9-25 11:40
分子模拟很小众？ 谁给你的勇气？

首先，你没有认真看我的回帖，计算化学分为量子化学和分子模拟，你和量子化学比比，很多都是做量子化学的，什么DFT啥的，还有市场上的一些公司很多都是做量化的，也有一些做模拟的，做药物筛选的，其次，我不知道你经历了什么，或许你做的是分子模拟，那你身边肯定做分子模拟的多，最后，小众还有一点是国内中文文献，分子模拟没有量子化学多，所以，我建议楼主多看英文文献，因为想看中文的都不一定找得到。我仅限于我的观点，或许你接触的人比较高端，我接触到的最高端的人还不是本专业的，是中科院心理所的博士，给我们上过心理课。理论与计算化学，很多二三本能有个老师，有台服务器，跑个高斯，算个量化，就很高端了，分子模拟是不敢想的，我们省双非一本也差不多，这个专业也就是少数985，极少数211，部分中科院的研究所能玩得起的专业方向，以前号称是北有吉大，南有厦大，现在是北有南大，南有厦大，当然复旦啥的也不错

xiamiaoren

萧木 发表于 2020-9-25 10:00
理论计算肯定不做了，转研发是首选，其他的岗位不确定。同门有个准备去销售，工资还挺高。

计算界的悲哀

sobereva

计算模拟（量化、分子模拟、第一性）的意义在于能解释微观本质，而且模拟很多实验根本没法做的情况（极端条件、难以实验观测、无法合成的体系等）。而且计算模拟成本很低，可以廉价指导实验的进行。而且高精度的计算，其可靠度、精度比实验方法更高。你们学校的答辩时的那些老师眼界太狭隘了。答辩时候碰见这种不懂还爱瞎题意见的人是非常正常的事情。你需要自己有足够的积累，碰见这样的人的时候要有足够的底气怼他们，这样才能不受委屈。

sobereva

笙歌落 发表于 2020-9-21 11:29
老师不懂是正常的，分子模拟在整个计算化学中也是很小众的圈子，毕竟很多人研究的都是量子化学，国内研究最 ...

分子模拟在计算化学中绝对不是很小众圈子。分子模拟和量子化学、第一性原理共同并列是计算化学的三大组成部分。你觉得很小众是因为眼界还不够宽广，或者和你目前所处的环境有关系。
如果怀疑分子模拟很小众的话，不妨去看看GROMACS、Amber、NAMD、Lammps这些主流动力学模拟程序原文，以及Autodock等主流分子对接程序原文，以及Amber、GROMOS、CHARMM、UFF等主流力场的文章引用次数。

“国内研究最多的分子模拟是高分子化学与物理的统计模拟”这也明显不对。国内靠动力学/蒙特卡罗研究蛋白质、吸附、溶液特征、固体材料性能等等问题的人多了去了。我当年就是做蛋白质动力学模拟出道的。

笙歌落

sobereva 发表于 2020-9-28 13:20
分子模拟在计算化学中绝对不是很小众圈子。分子模拟和量子化学、第一性原理共同并列是计算化学的三大组成 ...

明白，谢谢sob老师。
不过也可能是这几年计算化学发展的太快了吧。
学校层次很低，低到你好好学习会被认为是在老师面前作秀，然后就一个宿舍甚至半个班都不理你，当然了，老师也是讲课糊弄人，学生不听课，老师讲课自己都快睡着了，如果你指出老师课讲错了某个知识点，老师可能记恨你，让你期末考试故意挂科。不一而足，官僚气息浓厚，对学生区别对待，老师要看学生是不是自己人。
好在我毕业了。感觉没什么不是计算化学不能算的，比如星际分子之类的。

xiamiaoren

看样子学校太差了，这研究生读跟没读没啥差别

萧木

sobereva 发表于 2020-9-28 12:41
计算模拟（量化、分子模拟、第一性）的意义在于能解释微观本质，而且模拟很多实验根本没法做的情况（极端条 ...

嗯，我明白了，谢谢sobereva老师。

sobereva

笙歌落 发表于 2020-9-28 14:39
明白，谢谢sob老师。
不过也可能是这几年计算化学发展的太快了吧。
学校层次很低，低到你好好学习会被 ...

并不是因为发展太快才造成你的错觉，还是你接触得不够多。

十几年前我在北师大时候，系里都有好几个搞分子动力学的、好多搞量化的、还有搞第一性原理的。十年前mdbbs分子模拟论坛健在的时候，都能看到国内做动力学的人相当多，以及很火热了。在那时候国内搞分子模拟的人就那么多了，更别提现在了，人数最起码是当年的2.5倍。如果还没直观感觉，可以参加诸如中国化学会学术年会的理论化学分场之类的大型会议开阔一下眼界，就知道搞模拟的人有多多了。

笙歌落

sobereva 发表于 2020-9-29 14:50
并不是因为发展太快才造成你的错觉，还是你接触得不够多。

十几年前我在北师大时候，系里都有好几个搞 ...

如果有机会的话，明年复旦大学和华东理工大学有中国化学会量子化学会议

linxi

参加化学会的时候，讲计算的报告反而是参加人数最多的，可见大家现在都对计算或多或少的感兴趣