批量提取柔性扫描的能量及结构

123qwertybobo

批量提取柔性扫描的能量及结构，意义还是有的。但二维扫描的能量和坐标提取都比较麻烦。论坛见过有用perl和python的，但不适合我的使用习惯。个人喜欢自带的awk和sed，啥也不用装。基本原理：通过 Stationary point found 定位每个单点柔扫的结果，在此基础上通过Standard orientation:定位相应坐标。

脚本不长，没使用到特别高级的语句，除了为替换坐标符号用到了gsub。如果有些元素符号没有定义，可依脚本画葫芦。
使用tips：
需要一个/多个柔扫的log文件，把脚本放于当前目录，执行即可，不需要其他参数。使用both.sh，会批量提取能量且批量提取坐标。使用energy.sh可以监测当前扫至哪步。
两个脚本均已测试正确，若不幸存在，还望请告知。
希望能对初学者有所裨益，见笑于诸位old birds。

staq001

谢谢分享

模拟小菜

感谢分享，十分好用

霉弟top

both.sh 脚本输出不了坐标呀，终端会报错：sed: -e expression #1, char 1: unknown command: `,'

123qwertybobo

霉弟top 发表于 2024-5-30 01:04
both.sh 脚本输出不了坐标呀，终端会报错：sed: -e expression #1, char 1: unknown command: `,'

可能是有的原子没有定义，可以按照如Chlorine原子对应的gsub(17,"Cl",$2)来补充定义。不行的话上传源文件。

霉弟top

123qwertybobo 发表于 2024-5-30 16:20
可能是有的原子没有定义，可以按照如Chlorine原子对应的gsub(17,"Cl",$2)来补充定义。不行的话上传源文件 ...

我把both脚本中Standard orientation 换成Input orientation就可以正常使用了

123qwertybobo

霉弟top 发表于 2024-5-31 01:44
我把both脚本中Standard orientation 换成Input orientation就可以正常使用了

你确定你算完了么？还是说算的不是柔性扫描的结果。选Input orientation一点都不正常，那是你输入的结构，你要搜索下Standard orientation有没有。

霉弟top

那烦请您帮我看看这个柔性扫描输出文件有问题吗？十分感谢

123qwertybobo

霉弟top 发表于 2024-5-31 12:30
那烦请您帮我看看这个柔性扫描输出文件有问题吗？十分感谢

由于添加nosymm，G09和G16均不进行坐标标准化，只会保留Input orientation。由于Input和Standard结构是一样的，所以改成Input orientation就没问题。

霉弟top

123qwertybobo 发表于 2024-5-31 16:40
由于添加nosymm，G09和G16均不进行坐标标准化，只会保留Input orientation。由于Input和Standard结构是一 ...

感谢分析解答！！

a-Student

非常感谢楼主回答，问题已解决

123qwertybobo

a-Student 发表于 2025-6-20 11:32
您好，麻烦请教下，为什么添加gsub("14","Si",$2)，输出结果坐标正确，但Si变成H4呢

估计是和H的矛盾了，把H的替换弄到最后应该就好了。