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[GROMACS] 求助,表面活性剂的界面形成能如何计算

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卢老师,我在一片博士论文上看到关于表面活性剂的界面形成能的问题,我的体系中没有油,只有表面活性剂-水-真空,请问我能用这种方法计算界面形成能吗?
如果可以的话,请问单个表面活性剂的分子的能量应该怎么计算呢?

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发表于 Post on 2020-9-22 18:42:12 | 只看该作者 Only view this author
应该可以

在相同设置下,计算一个真空的表面活性剂
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-22 19:42:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-22 18:42
应该可以

在相同设置下,计算一个真空的表面活性剂

好的谢谢卢老师。

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发表于 Post on 2021-9-18 08:43:16 | 只看该作者 Only view this author
可以问一下楼主,这篇论文是叫什么名字吗,我也想了解一下界面生成能这一块的知识。

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发表于 Post on 2021-9-18 12:33:16 | 只看该作者 Only view this author
努力学习 发表于 2021-9-18 08:43
可以问一下楼主,这篇论文是叫什么名字吗,我也想了解一下界面生成能这一块的知识。

博士学位论文,知网里可以搜到

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6#
发表于 Post on 2021-9-18 22:20:19 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2021-9-18 12:33
博士学位论文,知网里可以搜到

没有搞明白界面形成能值越大,说明表面活性剂与水作用更强,界面张力越低。说的是界面形成能得绝对值还是就是这个负数得大小。

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发表于 Post on 2023-5-1 07:08:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jus 于 2023-5-1 07:12 编辑
sobereva 发表于 2020-9-22 18:42
应该可以

在相同设置下,计算一个真空的表面活性剂

请问卢老师,3-3式里的每一项该怎么算,是把表面活性剂分子单独设一个索引组,energygrps指定它,产生tpr文件,然后结合之前的轨迹文件rerun,得到新的edr文件,再用gmx energy计算吗。
如果是这样的话,那图片里面的哪几项为E total、E surface、E decane-water

屏幕截图 2023-05-01 070937.png (328.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

屏幕截图 2023-05-01 070937.png

屏幕截图 2023-05-01 070343.png (67.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

屏幕截图 2023-05-01 070343.png

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发表于 Post on 2023-5-1 10:51:48 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2023-5-1 07:08
请问卢老师,3-3式里的每一项该怎么算,是把表面活性剂分子单独设一个索引组,energygrps指定它,产生tpr ...

对油水+表面活性剂的体系跑MD,得到平均能能量作为E_total
对油水体系跑MD,得到平均能能量作为E_decane-water
对单个表面活性剂分子在真空下跑MD,得到平均能量作为E_surfactant
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发表于 Post on 2023-5-2 00:04:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-1 10:51
对油水+表面活性剂的体系跑MD,得到平均能能量作为E_total
对油水体系跑MD,得到平均能能量作为E_decane ...

好的,感谢卢老师的指点

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发表于 Post on 2025-9-25 09:57:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-1 10:51
对油水+表面活性剂的体系跑MD,得到平均能能量作为E_total
对油水体系跑MD,得到平均能能量作为E_decane ...

老师,你这谈到的平均能量是指七楼图片中的 10 Potential 还是 12 Total-Energy 的平均值?

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发表于 Post on 2025-9-26 00:33:20 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2025-9-25 09:57
老师,你这谈到的平均能量是指七楼图片中的 10 Potential 还是 12 Total-Energy 的平均值?

后者
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发表于 Post on 2025-9-27 15:34:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xishaofan 于 2025-9-27 19:19 编辑
sobereva 发表于 2023-5-1 10:51
对油水+表面活性剂的体系跑MD,得到平均能能量作为E_total
对油水体系跑MD,得到平均能能量作为E_decane ...

老师,油水+表面活性剂的体系跑MD(三步:em,npt平衡,npt生产)使用的是npt系综。
但当我在相同设置下,对单个表面活性剂分子在真空下跑MD,npt生产步骤出现出现报错“ERROR 1 [file system.top, line 11]:ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.”
请问一下,这个步骤增加盒子尺寸或者减少rlist,对计算界面形成能有影响吗,能如何修改(表面活性剂分子太小,使用npt系综不可避免会造成盒子过小)?或者我用nvt系综,对单个表面活性剂分子在真空下跑MD,此时得到的能量可用于计算界面形成能吗?

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发表于 Post on 2025-9-28 00:01:45 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2025-9-27 15:34
老师,油水+表面活性剂的体系跑MD(三步:em,npt平衡,npt生产)使用的是npt系综。
但当我在相同设置下 ...

倘若你算单个分子时还用了NPT,显然得改成NVT,否则盒子越来越小
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