vmola: Make VMD able to merge and align molecules or fragments

winnerwill

更新：增加了一个使用例和加入了几个常用的配套指令（需重新下载更新的脚本文件）。其中一个指令来自@ggdh的vcube。

开发了一个基于VMD的脚本，目前主要实现以下功能：
1. 分子间结构合并
2. 片段间合并对齐
3. 调整分子朝向

使用前，利用source命令使脚本生效。也可在vmd.rc中定义一个proc来简化脚本的调用。
用法说明：
（1）可输入vmola -h 了解进一步用法，输入的atom index 根据提示有顺序要求；
（2）使用时如果发现一开始加载的分子有重叠，可以用快捷键8 把分子移开一些再进行后续操作；
（3）#head #tail 表示头尾原子的index；
（4）#iax 表示合并对齐方式；(1代表类似轴对称方式；2代表中心对称方式)
（5）molid molidtail 表示头尾原子对应的分子，可以是同一个分子，默认是top分子；（其他情形下，会自动识别是分子id还是分子index）
（6）f/fragment关键词 用于片段操作；
（7）i/index关键词主要用于调整分子朝向，也可用于结构合并。
（8）输入的指令会尽可能自动补足缺省参数，所以输入指令可以尽可能简化，如参数有误则会报错。如需替换缺省值，则需理解脚本来提供相应输入参数的值。
（9）原子编号随着结构改变很可能发生变化，每次操作前可以用新增指令查看。显示的标签在调整朝向时会保留，其他情况下会自动去除。
目前的用法可能还没那么简化，因此还需自行摸索一番。
下列是最简单的指令举例：
vmola i 5 4 1 0
vmola 5 4 1 0
vmola f 9 20
vmola i 5 4

后面有机会会更新，欢迎反馈。

声明：欢迎使用，但不得转载。

ggdh

能不能举一个具体的例子啊。。。有点看不明白

winnerwill

ggdh 发表于 2020-10-14 10:06
能不能举一个具体的例子啊。。。有点看不明白

谢谢反馈！
看来确实有必要再细化下。不过时间有点紧，增加了个使用例看看是否好理解点。
如有问题，我再找时间进一步增加。
更新：增加了一个使用例和加入了几个常用的配套指令。

zsu007

谢谢楼主的分享！

cishengyinyibn

楼主好！在使用脚本过程中遇到了一些问题，比如在绘制等值面图时候，使用vmola i旋转分子，等值面不会跟着一起旋转，请问可以更新一下这部分功能吗。

Uus/pMeC6H4-/キ

cishengyinyibn 发表于 2025-12-22 20:50
楼主好！在使用脚本过程中遇到了一些问题，比如在绘制等值面图时候，使用vmola i旋转分子，等值面不会跟着 ...

“旋转等值面”本质上是要求修改格点数据，VMD里只对各种选区的原子坐标操作从原理上就不可能达成目标，参考http://bbs.keinsci.com/thread-53111-1-1.html我的回复。