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[超级计算机] 计算140个原子的有机分子,需要多大的资源才可以比较快速?

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发表于 2020-9-26 09:21:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 星斗如盘 于 2020-9-26 10:23 编辑

最近一直在使用学校超算中心的免费账号做高斯计算,之前计算的分子都在100个原子以下,使用一个计算节点(16核,96GB)就够了。现在计算了一个140个原子的分子,计算频率都要24h,想把时间压缩到3/4个小时,需要使用多少节点?最近打算申请一个付费账号 使用ub3lyp/6-31g(d) 一般用于结构优化,频率计算,使用G09做计算

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发表于 2020-9-26 09:33:54 | 显示全部楼层
说明你的计算级别(方法/基组),计算任务(单点、结构优化、频率、激发态单点计算)
欢迎关注“量子化学”公众号,也欢迎投稿。

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发表于 2020-9-26 09:50:18 | 显示全部楼层

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 楼主| 发表于 2020-9-26 09:51:43 | 显示全部楼层
zjxitcc 发表于 2020-9-26 09:33
说明你的计算级别(方法/基组),计算任务(单点、结构优化、频率、激发态单点计算)

使用ub3lyp/6-31g(d) 一般用于结构优化,频率计算

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发表于 2020-9-26 10:14:40 | 显示全部楼层
起码也得把用什么程序交代清楚

跨节点并不解决什么问题,大部分量化程序大部分任务的跨节点效率很低
而且涉及到几何优化时,还牵扯到是否能顺利收敛的问题,耗时根本没法简单估计
图快的话,单个节点有多少核尽量都用上就完了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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 楼主| 发表于 2020-9-26 10:24:49 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-26 10:14
起码也得把用什么程序交代清楚

跨节点并不解决什么问题,大部分量化程序大部分任务的跨节点效率很低

使用G09做计算

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发表于 2020-9-26 10:37:59 | 显示全部楼层
使用g09,超过16核心,效率就不怎么理想了。
提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

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发表于 2020-9-26 12:23:04 | 显示全部楼层
能用g16就不要用g09,不过16核的cpu就算是3950x给160原子振动分析也不可能那么快

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发表于 2020-9-26 13:54:59 | 显示全部楼层
我只能說36核也不夠, 我在用的36核, 優化120多個原子也已經要5,6個小時或更長

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 楼主| 发表于 2020-9-26 15:52:37 | 显示全部楼层
biogon 发表于 2020-9-26 12:23
能用g16就不要用g09,不过16核的cpu就算是3950x给160原子振动分析也不可能那么快

我之前用过g16,感觉并没有更快,不过和我们合作的课题组常用g09我也就用g09了

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发表于 2020-9-26 16:03:18 | 显示全部楼层
星斗如盘 发表于 2020-9-26 15:52
我之前用过g16,感觉并没有更快,不过和我们合作的课题组常用g09我也就用g09了

如果你试出来g16比g09慢,那大概率是没考虑精度的区别,忘了加g09defaults。论坛上有很多问g16与g09差别的帖子,也有不少测试高斯速度的帖子。
欢迎关注“量子化学”公众号,也欢迎投稿。

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 楼主| 发表于 2020-9-26 17:05:39 | 显示全部楼层
zjxitcc 发表于 2020-9-26 16:03
如果你试出来g16比g09慢,那大概率是没考虑精度的区别,忘了加g09defaults。论坛上有很多问g16与g09差别 ...

嗯嗯,好的,我看一下
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