求问有没有可以把xyz批量保存成图片的命令

FugueH · 发表于 Post on 2020-9-27 10:25:33

大神们好，我现在手里有一大批高斯 log 文件，写了一脚本把它转换成xyz，还可以用obabel转换成其他各种表示形式。
现在急需一个能把这些分子结构转换成图片的批处理命令，vmd也好gaussian也罢，有没有什么写个脚本就能批量保存数千个分子的图片的办法~~
谢谢各位大神了！！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-9-27 10:37:32

对图片的视角有要求吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-27 12:20:35

写VMD脚本，依次载入并删除，对每个体系用render命令渲染就完了

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-27 13:10:07

刚才写了个脚本。启动VMD，复制到VMD文本窗口里，可以将当前目录下所有xyz文件渲染成同名但带.tga后缀的球棍模型的图片
mol default style CPK
color Display Background white
display depthcue off
axes location Off
set allfiles [glob *.xyz]
foreach file $allfiles {
mol new $file
puts "Rendering $file..."
render TachyonInternal $file.tga
mol delete top
}

FugueH · 发表于 Post on 2020-9-27 21:10:14

sobereva 发表于 2020-9-27 13:10
刚才写了个脚本。启动VMD，复制到VMD文本窗口里，可以将当前目录下所有xyz文件渲染成同名但带.tga后缀的球 ...

感谢sob老师！！！帮助非常大

谷鸽SD · 发表于 Post on 2024-3-26 17:41:13

sobereva 发表于 2020-9-27 13:10
刚才写了个脚本。启动VMD，复制到VMD文本窗口里，可以将当前目录下所有xyz文件渲染成同名但带.tga后缀的球 ...

sob老师，我用这个成功导出了图片，就是分子结构占比有点小，这个图片的分辨率要在哪里调整呢？？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-26 18:49:43

谷鸽SD 发表于 2024-3-26 17:41
sob老师，我用这个成功导出了图片，就是分子结构占比有点小，这个图片的分辨率要在哪里调整呢？？

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt：

谷鸽SD · 发表于 Post on 2024-3-27 09:55:42

sobereva 发表于 2024-3-26 18:49
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt ...

感谢社长大人回复！我没太问明白，我们通过您在4L的脚本得到了.xyz.tga图片文件，也可以通过启动VMD来导出.dat文件，接着导出高像素的图片。现在的问题是我们需要批量将.xyz转化为.dat（为了后续调整分辨率），昨天试了下只改4L的命令，得到的.dat无法正常转化为其他图片形式，这样应该调整哪部分脚本内容呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-28 00:26:24

谷鸽SD 发表于 2024-3-27 09:55
感谢社长大人回复！我没太问明白，我们通过您在4L的脚本得到了.xyz.tga图片文件，也可以通过启动VMD来导 ...

看不懂你的问题。dat是Tachyon渲染器输入文件，本来就没法转化成图片格式，只能经过渲染后得到图片文件
文本编辑器打开dat文件看是否是合理的tachyon输入文件，不合理说明产生dat的脚本有问题，合理说明之后tachyon渲染过程有问题

谷鸽SD · 发表于 Post on 2024-3-28 13:49:20

本帖最后由谷鸽SD 于 2024-3-28 13:50 编辑

sobereva 发表于 2024-3-28 00:26
看不懂你的问题。dat是Tachyon渲染器输入文件，本来就没法转化成图片格式，只能经过渲染后得到图片文件
...

我们试图这在render 命令后加入-res 2048 2048 ，VMD提示-res不是命令。不能直接渲染高分辨率的图片，是不是不能直接这样修改命令

mol default style CPK
color Display Background white
display depthcue off
axes location Off
set allfiles [glob *.xyz]
foreach file $allfiles {
mol new $file
puts "Rendering $file..."
render TachyonInternal $file.tga -res 2048 2048
mol delete top
}

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-28 14:11:07

谷鸽SD 发表于 2024-3-28 13:49
我们试图这在render 命令后加入-res 2048 2048 ，VMD提示-res不是命令。不能直接渲染高分辨率的图片，是不 ...

分清楚tachyon和tachyoninternal，选项是两码事

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Gaussian/gview] 求问有没有可以把xyz批量保存成图片的命令

评分 Rate