请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 1463|回复: 23

[并行运算] 我用的集群以及经验分享

[复制链接]

537

帖子

1

威望

1902

eV
积分
2459

Level 5 (御坂)

发表于 2020-9-30 10:38:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
front-page.png
不太会用Word,所以其他内容,请看附件PDF文档。
我的机器以及一些碎碎念.pdf (1.86 MB, 下载次数: 429)

评分

参与人数 13威望 +1 eV +49 收起 理由
Icestone + 5 好物!
ggdh + 5
ChrisZheng + 5 谢谢
alonewolfyang + 5 谢谢
ldatea + 5 谢谢
欢乐多 + 2 好物!
bobosiji + 5 牛!
wang7344412 + 5 精品内容
sobereva + 1
ABetaCarw + 5 给大佬端茶
qinzhong605 + 3 谢谢分享
喵星大佬 + 2 赞!
zjxitcc + 2 赞!

查看全部评分

提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

156

帖子

0

威望

529

eV
积分
685

Level 4 (黑子)

蓝卫兵

发表于 2020-10-1 05:52:33 | 显示全部楼层
这种业配应该发到wx公众号
B样条插值
个人专栏https://zhuanlan.zhihu.com/p/21936803

67

帖子

0

威望

1549

eV
积分
1616

Level 5 (御坂)

发表于 2020-10-2 16:08:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 朙天儿 于 2020-10-3 03:10 编辑

虽然也看了些RAID相关介绍,但很多概念还是很模糊。
1 RAID后面一系列数字,分别适合什么作用场景。
2 物理硬盘与RAID逻辑的关系。硬盘容量如何对应。
3 数据存储可靠度。
4 数据传输速度受什么影响。
5 何时做RAID比较安全靠谱。
6 做RAID的方法步骤。
注:洛必达。标记。

537

帖子

1

威望

1902

eV
积分
2459

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2020-10-2 16:20:40 | 显示全部楼层
pyscf 发表于 2020-10-1 05:52
这种业配应该发到wx公众号

我拒绝使用公众号这种封闭的圈子。
提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

537

帖子

1

威望

1902

eV
积分
2459

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2020-10-2 16:25:33 | 显示全部楼层
朙天儿 发表于 2020-10-2 16:08
虽然也看了些RAID相关介绍,但很多概念还是很模糊,姑且列出几条,请大佬指点。
1 RAID后面一系列数字,分 ...

前几条,看wiki。

RAID是以廉价的方案实现高可用,和可靠性没有太大关系。
可靠要依赖热备和异地备份。所谓鸡蛋不能在一个篮子里。

RAID如何做?你买的产品,附送的手册有描述。
RTFM.

基于Linux系统的RAID如何做?
Google Linux raid。

评分

参与人数 1eV +5 收起 理由
朙天儿 + 5 谢谢

查看全部评分

提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

682

帖子

23

威望

2985

eV
积分
4127

Level 6 (一方通行)

发表于 2020-10-5 10:33:46 | 显示全部楼层
性价比超高啊,图吧大佬。。

537

帖子

1

威望

1902

eV
积分
2459

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2020-10-5 14:22:44 | 显示全部楼层
我使用的私有高性能并行计算集群,全文链接如下。
链接:https://pan.baidu.com/s/11RRDeufksY1wbG2z_djWSQ
提取码:06l1

同时增加了百度共享链接。

提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

537

帖子

1

威望

1902

eV
积分
2459

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2020-10-12 22:24:47 | 显示全部楼层
不久前,协助一硬件商家调试了一个两节点的集群。
采用万兆光纤网络,NVME双盘raid0读写。

今天收到用户反馈,双机并行跑vasp计算,效率很好。
很欣慰,这种廉价方案能解决问题。

应该是8175M双路服务器两台,华擎主板方案。
提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

154

帖子

0

威望

1155

eV
积分
1309

Level 4 (黑子)

发表于 2020-10-13 09:23:05 | 显示全部楼层
abin 发表于 2020-10-12 22:24
不久前,协助一硬件商家调试了一个两节点的集群。
采用万兆光纤网络,NVME双盘raid0读写。

您好。有2个问题请教一下:
1. vasp双机并行计算,也就是说是通过万兆光纤网络进行数据传输?这个与InfiniBand (IB)相比,有什么优缺点?
2. raid0 是通过raid卡,还是主板自带raid控制器?

537

帖子

1

威望

1902

eV
积分
2459

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2020-10-13 09:31:47 | 显示全部楼层
abdoman 发表于 2020-10-13 09:23
您好。有2个问题请教一下:
1. vasp双机并行计算,也就是说是通过万兆光纤网络进行数据传输?这个与Infi ...

IB优,协议不同。
万兆也是以太网,和IB协议不同。

其他按照具体预算来配置呗。

现在保守估计,50Gb带宽的IB交换机和配套线缆,大概好几万呢,
可能和两台机器价格差不多。

IB交换机是按照时间做授权许可的。
没有授权,无法使用。简单说,就是订阅模式。

以太网和IB有个差异,自己读wiki吧!

你用不能指望十年前的捷达车,能跑过911吧?
提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

537

帖子

1

威望

1902

eV
积分
2459

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2020-10-13 09:51:52 | 显示全部楼层
abdoman 发表于 2020-10-13 09:23
您好。有2个问题请教一下:
1. vasp双机并行计算,也就是说是通过万兆光纤网络进行数据传输?这个与Infi ...

或者你买一套自己试试?

和我合作的商家,可以提供“开箱即用”体验,收到机器,打开包装,开机,按照说明插网线就可以用了。

或者你买好硬件,我协助你做机器。
确认硬件前,请先让我看一下是否搭配合理,我只协助评估是否存在明显的短板。

理论上讲,只要你的机器可以单向访问互联网,我均可以在线调试机器,(温馨提示,需要支付劳务费)。
提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat / bilibili  abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

154

帖子

0

威望

1155

eV
积分
1309

Level 4 (黑子)

发表于 2020-10-14 09:02:49 | 显示全部楼层
abin 发表于 2020-10-13 09:51
或者你买一套自己试试?

和我合作的商家,可以提供“开箱即用”体验,收到机器,打开包装,开机,按 ...

好的,非常感谢您的回答。

35

帖子

0

威望

570

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

发表于 2020-10-14 10:09:55 | 显示全部楼层
如果4台机子的配置不用,核心数不同,内存不同,不适合组成集群吧?(没钱,一台一台配置的,导致机子的性能不一致,有些机子还做了升级)

35

帖子

0

威望

570

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

发表于 2020-10-14 10:15:05 | 显示全部楼层
本帖最后由 TDHFjiang 于 2020-10-14 12:42 编辑

一般都是NVME M.2 2Tb的,4Tb 的 NVME M.2接口的,您有推荐的吗?

208

帖子

0

威望

1923

eV
积分
2131

Level 5 (御坂)

埋進雨裡聽海的呼吸

发表于 2020-10-14 10:48:14 | 显示全部楼层
TDHFjiang 发表于 2020-10-14 10:09
如果4台机子的配置不用,核心数不同,内存不同,不适合组成集群吧?(没钱,一台一台配置的,导致机子的性 ...

Snipaste_2020-10-14_10-46-37.png
我们的服务器有用了好几年的。

奔跑吧 驕傲的少年
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-11-28 12:25 , Processed in 0.172459 second(s), 28 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表