伞形采样时可以在CV之外施加其他约束吗？

霜晨月 · 发表于 Post on 2020-10-2 09:02:15

我用QM/MM MD模拟一个酶催化反应，有一个谷氨酸残基起到辅助催化作用，但这个谷氨酸不在US的反应坐标之内。因为这个谷氨酸侧链很flexible，MD模拟中很容易转到其他位置去，而失去辅助催化作用。能否对这个谷氨酸施加约束使它保持在某个位置？我担心这样会改变PMF。（较理想的做法是增加一个CV约束谷氨酸，但这样一来成了二维US，复杂多了。）
多谢各位老师

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-10-2 10:29:37

可以，约束肯定会对PMF有一定的影响，不过不用不行的时候还是要用

wyb · 发表于 Post on 2020-10-2 11:03:37

可以，这样做出来就是这个约束下的PMF，写作的时候就不要过度解释成无约束的PMF，额外约束非常常见的，比如离子通道通常会约束别的离子干扰研究对象等

霜晨月 · 发表于 Post on 2020-10-2 16:08:53

fhh2626 发表于 2020-10-2 10:29
可以，约束肯定会对PMF有一定的影响，不过不用不行的时候还是要用

好的，谢谢Fu博士

霜晨月 · 发表于 Post on 2020-10-2 16:12:49

wyb 发表于 2020-10-2 11:03
可以，这样做出来就是这个约束下的PMF，写作的时候就不要过度解释成无约束的PMF，额外约束非常常见的，比如 ...

哦哦，那么写作时就说：因为考虑到XX原因，所以施加了某某约束，就可以了吗？
谢谢

wyb · 发表于 Post on 2020-10-4 08:47:09

对，要把你的约束都在方法里面写清楚。

霜晨月 · 发表于 Post on 2020-10-5 07:56:01

wyb 发表于 2020-10-4 08:47
对，要把你的约束都在方法里面写清楚。

谢谢

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[综合交流] 伞形采样时可以在CV之外施加其他约束吗？

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