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[GROMACS] 求助 gromacs npt 求助 (Warning: pressure scaling more than 1%)

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我在跑一个溶剂盒子,将近1000个溶剂分子,opls-aa力场。298K下先跑完一个nvt,然后跑同温,一个大气压下的npt,但是出现:


Step 340  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.45093 1.45093 1.45093

Step 345  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 0.82104 0.82104 0.82104
./4-run-npt-after-nvt.sh: line 50: 48508 Segmentation fault      gmx_mpi mdrun -deffnm npt

这样的问题。

请问应该怎么解决呢?

谢谢大家。


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发表于 Post on 2020-10-4 14:25:43 | 只看该作者 Only view this author
把tau_p设大,减弱压浴效果再试,这样可以让盒子尺寸变得更缓慢。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2023-9-22 22:02:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-4 14:25
把tau_p设大,减弱压浴效果再试,这样可以让盒子尺寸变得更缓慢。

老师,我也遇到了这种情况,我把tau_p设成2.0,不过开始  Pcoupl = Berendsen,一直出现这个报错,最后改成 Parrinello-Rahman,这个报错问题解决了。
但是对于尚未平衡好的系统使用Parrinello-Rahman,会更容易出现这个报错,而我是改用Parrinello-Rahman则没有报错,老师,这是什么原因?

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发表于 Post on 2023-9-23 05:36:15 | 只看该作者 Only view this author
hanlu 发表于 2023-9-22 22:02
老师,我也遇到了这种情况,我把tau_p设成2.0,不过开始  Pcoupl = Berendsen,一直出现这个报错,最后改 ...

8成只是巧合
PR压浴用于压力还在有整体变化的阶段容易出现不合理的震荡
也可以用gmx 2021开始加入的C-rescale压浴,是目前原理上最好的压浴,可以代替Berendsen+PR的常用组合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-9-23 08:54:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-23 05:36
8成只是巧合
PR压浴用于压力还在有整体变化的阶段容易出现不合理的震荡
也可以用gmx 2021开始加入的C-r ...

好的,谢谢老师,我试试

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发表于 Post on 2024-4-5 20:26:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2024-4-6 00:17 编辑
sobereva 发表于 2023-9-23 05:36
8成只是巧合
PR压浴用于压力还在有整体变化的阶段容易出现不合理的震荡
也可以用gmx 2021开始加入的C-r ...

老师,请问相同的结构文件和mdp文件(运行机器不同,笔记本/服务器),Berendsen+Parrinello-Rahman的常用组合,为什么笔记本的gmx2018版运行中没有任何提示,顺利结束,但是服务器2023版Berendsen时就 需要调小步长(1fs到0.5fs)、-np 1才不崩溃,并且之后一直提示Warning: pressure scaling more than 1%;Parrinello-Rahman均为1fs步长,2023版也是一直提示Warning: pressure scaling more than 1%
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发表于 Post on 2024-4-5 22:12:33 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2024-4-5 20:26
老师,请问相同的结构文件和mdp文件(运行机器不同,笔记本/服务器),Berendsen+PR的常用组合,为什么笔 ...

尝试2023里改成更普适的c-rescale热浴

“PR均为1fs步长” PR指代不明
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发表于 Post on 2024-4-6 00:15:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-5 22:12
尝试2023里改成更普适的c-rescale热浴

“PR均为1fs步长” PR指代不明

老师,翻了一下论坛和手册,没有看到C-rescale压浴推荐的常用的时间常数,tau_p ,老师推荐多少呢,以及C-rescale压浴有什么注意事项吗,谢谢。
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发表于 Post on 2024-4-6 00:27:05 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2024-4-6 00:15
老师,翻了一下论坛和手册,没有看到C-rescale压浴推荐的常用的时间常数,tau_p ,老师推荐多少呢,以及C ...

近几届的北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的课上讲过


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