gromacs压强耦合中的压缩系数

yaochuang

最近测试了一下gromacs压强耦合中的压缩系数对体系的影响，发现有点儿不对。我的理解是压缩系数越小，体系应该会更稠密，密度应该越大才对吧。
但是我利用甲醇分子做了一个测试，两个体系设置完全相同，仅压缩系数分别设置为4.5e-3和4.5e-8
得到的结果却是4.5e-3对应的体系，最终密度为931 kg/m^3；而4.5e-8对应的体系最终密度只有639 kg/m^3
不知道这是怎么回事，还请大家帮我看看，是我理解错了吗？

部分mdp：
pbc = xyz  ;周期性边界条件 xyz xy no
rlist =1.3 ;短程近邻列表阈值 单位 nm
cutoff-scheme = verlet
verlet-buffer-tolerance = 0.005
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.2
vdw-type = cut-off
rvdw = 1.2
DispCorr = EnerPres
;
Tcoupl = V-rescale
tau_t = 0.1
tc_grps = system
ref_t = 300
;
Pcoupl = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic; surface-tension ;isotropic ;semiisotropic
tau_p = 5.0
ref_p = 1.0 ; bar
compressibility = 4.5e-3

如果我想模拟有机材料在固态时的性质用gromacs可以吗，这个压缩系数如何设置呢？

谢谢了！

sobereva

原理上密度只取决于参考压力。可压缩系数只是影响压浴的速度。4.5e-8设得过小了。测试的话，建议在实验值附近取，增大和减小一个数量级。

rlist应当设1.2，与rvdw和rcoulomb一致，至少不应大于之。

建议比较下密度变化曲线，光从最后数值不好说。

只要有能用的力场，模拟固态没问题。固态时可压缩性很低，盒子变化很小，可压缩系数设个很小的值就完了。

yaochuang

sobereva 发表于 2015-10-25 07:48
原理上密度只取决于参考压力。可压缩系数只是影响压浴的速度。4.5e-8设得过小了。测试的话，建议在实验值附 ...

谢谢sob老师！