求助：粗粒化增大步长就报错

PY_N · 发表于 Post on 2020-10-8 10:01:43

我使用lammps跑粗粒化，使用1fs的步长能正常跑，但是增大为5fs就会报错。例如，Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld，我也试过增大cutoff，也会报错。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-8 20:01:04

可能是某两个成键的原子距离太远了，结合轨迹仔细查看结构有什么异常

dinghongming · 发表于 Post on 2020-10-9 10:14:17

大概率是体系不稳定，或者初始构象不太好导致的，可以一开始使用1fs跑一段时间，等体系稳定后再增大步长。

PY_N · 发表于 Post on 2020-10-13 15:25:25

我最后发现是gromacs参数转lammps参数时忘记除2了

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[Lammps] 求助：粗粒化增大步长就报错