计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7830|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 计算苯胺的拉曼增强谱,加一个金原子的谱线变化感觉不对

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

33

eV
积分
38

Level 2 能力者

各位老师好,我对C H N原子用6-31g++(d,p),对Au原子用Lanl2DZ赝式基组,对苯胺分子进行opt+freq,用来看苯胺分子和苯胺分子连接1个、3个、4个金原子的拉曼谱线比较。但是做出来发现,连接一个金原子的时候,增强效果比连接3个、4个金原子的效果要好。通过查看论文,应该是连接的配合物越多,增强效果越好。所以我不知道是不是我在连接1个金原子的过程出了什么错。(附上了拉曼谱图和苯胺连接一个金原子的输入文件)

图片1.png (180.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

图片1.png

benan1au.gjf

1.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

1万

帖子

0

威望

8988

eV
积分
20736

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2020-10-8 22:49:57 | 只看该作者 Only view this author
加不同数目的金原子得到的配合物结构分别是什么样的?电荷分布分别是什么样的?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

5

帖子

0

威望

33

eV
积分
38

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-8 23:04:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-8 22:49
加不同数目的金原子得到的配合物结构分别是什么样的?电荷分布分别是什么样的?

分子结构优化完就都一样,看不出有什么区别

4.png (184.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

4.png

3.png (197.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

3.png

2.png (132.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

2.png

1.png (131.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

1.png

4104

帖子

4

威望

8869

eV
积分
13053

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

4#
发表于 Post on 2020-10-9 09:08:35 | 只看该作者 Only view this author
ashin 发表于 2020-10-8 23:04
分子结构优化完就都一样,看不出有什么区别

你想算表面增强拉曼?那样的话得至少一个面的Au,<=4个Au说明不了问题

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
hebrewsnabla + 3 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

自动做多参考态计算的程序MOKIT

1657

帖子

5

威望

4558

eV
积分
6315

Level 6 (一方通行)

喵星人

5#
发表于 Post on 2020-10-9 09:38:29 | 只看该作者 Only view this author
跟表面作用影响振动的计算用高斯很难实现,可以参考J. Phys. Chem. C 2018, 122, 24068,跑AIMD然后分析

1万

帖子

0

威望

8988

eV
积分
20736

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2020-10-9 11:33:26 | 只看该作者 Only view this author
ashin 发表于 2020-10-8 23:04
分子结构优化完就都一样,看不出有什么区别

我怀疑你没找到最稳定构象,比如4个Au的团簇的最稳定构象不太可能是这种线型的。
结构优化只能得到离你一开始摆的构象最近的构象,不能保证得到最稳定构象,如果构象找错了,结果很可能定性错误。
所以建议先做个构象搜索
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

5

帖子

0

威望

33

eV
积分
38

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 11:51:35 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-10-9 09:08
你想算表面增强拉曼?那样的话得至少一个面的Au,

对,做表面增强。我看到的相似论文都是做的几个金原子,但是他们谱线很正常

5

帖子

0

威望

33

eV
积分
38

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 11:53:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-9 11:33
我怀疑你没找到最稳定构象,比如4个Au的团簇的最稳定构象不太可能是这种线型的。
结构优化只能得到离你 ...

好的,我去重新构造结构看看

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2020-10-9 18:03:21 | 只看该作者 Only view this author
别盲目效仿一些文章。从基本原理上就知道几个金根本不足以描述金表面特征,而且这种情况下金原子的排列还可能对结果有明显影响。有些文章用那么几个金算SERS纯粹是被以讹传讹,也有的是为了图节约计算时间,但殊不知这样的结果可能都是定性错误的。

起码也应该搭类似这么个模型,才不怕被别人质疑(原理上加弥散函数更好),而且以现在的典型计算条件来说,算这个也不昂贵



这是用此体系,Multiwfn绘制的普通拉曼和SERS的对比图


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1657

帖子

5

威望

4558

eV
积分
6315

Level 6 (一方通行)

喵星人

10#
发表于 Post on 2020-10-9 18:29:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-9 18:03
别盲目效仿一些文章。从基本原理上就知道几个金根本不足以描述金表面特征,而且这种情况下金原子的排列还可 ...

话说cp2k跑AIMD从轨迹能提取拉曼嘛。。。我只知道可以分析红外,原理是似乎是可以的。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2020-10-10 00:27:49 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-10-9 18:29
话说cp2k跑AIMD从轨迹能提取拉曼嘛。。。我只知道可以分析红外,原理是似乎是可以的。

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

33

eV
积分
38

Level 2 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-10 08:34:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-9 18:03
别盲目效仿一些文章。从基本原理上就知道几个金根本不足以描述金表面特征,而且这种情况下金原子的排列还可 ...

谢谢SOB老师,我重新多加金原子去算一算!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 04:37 , Processed in 0.212414 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list