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[配置讨论] 四路乃至八路的服务器用cp2k做AIMD并行效率如何?

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Level 2 能力者

发表于 2020-10-8 23:10:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
本人打算用cp2k做AIMD,体系较大,但无奈组里计算资源吃紧,想低价搞一个四路或者八路的二手服务器(本人热爱捡垃圾)。cpu打算用至强v3的洋垃圾(8890 v3以上),板子打算委托华强北的熟人去拣。拣之前想先来论坛里问问各位,cp2k在四路or八路单节点下并行效率高吗?

8890 v3的一些参数:18核36线程,全核睿频大概能上3GHz;扩展性S8S,QPI数为3;内存最多四通道,ddr3最高支持到1600.
cpu还是挺便宜的。主要是二手的四路/八路板子不好拣,据说不便宜

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发表于 2020-10-9 09:31:05 | 显示全部楼层
我同事用的4路服务器,白金CPU跑vasp,说速度很快,他很满意。但没问过他是否做过详细的bench mark。
注意:内存条要插满,打开CPU的所有通道

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喵星人

发表于 2020-10-9 09:58:12 | 显示全部楼层
cp2k的计算线性很好,跨节点并行效率很高,所以没必要捡这种,直接多组几台普通的服务器用交换机连起来就好了。
四路是以前的E7才行的

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发表于 2020-10-9 10:05:43 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-10-9 09:58
cp2k的计算线性很好,跨节点并行效率很高,所以没必要捡这种,直接多组几台普通的服务器用交换机连起来就好 ...

e5也有四路的,只有八路才需要e7

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喵星人

发表于 2020-10-9 10:09:52 | 显示全部楼层
biogon 发表于 2020-10-9 10:05
e5也有四路的,只有八路才需要e7

这些板子都不好弄,讲道理对于cp2k最靠谱的方法就是多弄几台双路机器,这种跨节点并行万兆网络足以

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发表于 2020-10-9 10:18:30 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-10-9 10:09
这些板子都不好弄,讲道理对于cp2k最靠谱的方法就是多弄几台双路机器,这种跨节点并行万兆网络足以

确实,现在cpu和板子都是不好搞,坏了更不好修

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发表于 2020-10-9 10:55:51 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-10-9 10:09
这些板子都不好弄,讲道理对于cp2k最靠谱的方法就是多弄几台双路机器,这种跨节点并行万兆网络足以

这才是比较实际的解决方案。

如果钱多, 当然可以用更高端的网络了。

如果预算有限, 万兆网络就很好了。
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发表于 2020-10-9 19:10:04 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-10-9 10:09
这些板子都不好弄,讲道理对于cp2k最靠谱的方法就是多弄几台双路机器,这种跨节点并行万兆网络足以

gromacs VASP跨节点并行万兆网络行不?

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 楼主| 发表于 2020-10-11 07:46:55 | 显示全部楼层
谢谢大家!我又问了一下电子市场的人,他们说四路的板子不好拣,拣到了也卖的非常贵;八路更是天方夜谭。还是用双路的机子跨节点吧

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发表于 2020-10-11 11:59:18 | 显示全部楼层
xexlalalan 发表于 2020-10-11 07:46
谢谢大家!我又问了一下电子市场的人,他们说四路的板子不好拣,拣到了也卖的非常贵;八路更是天方夜谭。还 ...

这电子市场的人有点业余呀,用2049的超微的准系统就行啊,四路铂金能上112核,最近也降价了,还挺划算的。

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xexlalalan + 1 谢谢!

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发表于 2020-10-11 12:05:34 | 显示全部楼层
bobosiji 发表于 2020-10-9 19:10
gromacs VASP跨节点并行万兆网络行不?

没钱就凑合用万兆,有钱用IB。

没有什么行不行。

就如同八千多的电话机也能用,
500多的电话机也能用。
用起来爽不爽是另一个事情了。

鉴于VASP主要写内存的事实,
没有良好的网络支撑,还是单机多核心并行效率最高。

小规模的集群,比如四五台机器,万兆网络也用的不错的,当然比起IB来,是差很多的。

记得之前看过,在64核心机器上,多节点并行,
每个机器使用62核心,效果最佳。
因为要预留两个处理器核心来负载网络通讯业务。

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xexlalalan + 1 谢谢,很有启发 :)

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