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[CP2K] 运行时出现“Command 'cp2k.popt' not found“该怎么解决呢

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发表于 Post on 2020-10-9 10:43:06 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model

用GCC7.5.0和inel PSXE2020在ubuntu18.04系统下成功编译了cp2k7.1,test成功。重新启动电脑准备正式计算,为什么出现“Command'cp2k.popt' not found, but can be installed with: sudo apt install cp2k”的提示呢?难道还需要设置环境变量?

用cp2k.popt –version指令能看到如下提示:

CP2K version 7.1

Source code revision git:e635599

cp2kflags: libint fftw3 libxc pexsi elpaparallel mpi3 scalapack quip xsmm plumed2 spglib

compiler: GCC version 7.5.0

compiler options:

   -cpp -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.0.1/inc

   lude-I /opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.163/linux/mkl/incl

   ude -I/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.163/linux/mkl/inclu

   de/fftw -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8/inc

   lude -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/SpFFT-0.9.8/inclu

   de -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-

   lmax-5/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/libxc-4

   .3.4/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/libxsmm-1

   .14/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/elpa-2019.

   05.001/include/elpa-2019.05.001/modules -I/home/wlc/cp2k-7.1/tools/

  toolchain/install/elpa-2019.05.001/include/elpa-2019.05.001/elpa -I

   /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/scotch-6.0.0/include-I /

   home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/parmetis-4.0.3/include-I

   /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/superlu_dist-5.1.2/includ

   e -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/pexsi-0.10.2/include

    -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/quip-cc83ceea5776c40f

   cb5ab224a25ab04d62175449/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolcha

   in/install/gsl-2.5/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/ins

   tall/spglib-1.12.2/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/ins

   tall/hdf5-1.10.4/include -I /home/wlc/cp2k-7.1/src/start/-I /home/t

   xj/cp2k-7.1/obj/local/popt/exts/dbcsr -I/home/wlc/cp2k-7.1/tools/to

   olchain/install/openmpi-4.0.1/include -I/home/wlc/cp2k-7.1/tools/to

   olchain/install/openmpi-4.0.1/lib-imultiarch x86_64-linux-gnu -D_RE

   ENTRANT -D __LIBXSMM -D __parallel -D__SCALAPACK -D __FFTW3 -D __LI

   BINT -D __LIBXC -D __ELPA -D __LIBPEXSI -D__QUIP -D __PLUMED2 -D __

   SPGLIB -D __COMPILE_ARCH="local"-D __COMPILE_DATE="2020年 10月 08

   日 星期四 13:39:54 CST" -D __COMPILE_HOST="wlc" -D__COMPILE_REV

   ISION="git:e635599" -D__DATA_DIR="/home/wlc/cp2k-7.1/data" -D __SHO

   RT_FILE__="start/cp2k.F" -march=broadwell-mmmx -mno-3dnow -msse -ms

   se2 -msse3 -mssse3 -mno-sse4a -mcx16 -msahf-mmovbe -mno-aes -mno-sh

   a -mpclmul -mpopcnt -mabm -mno-lwp -mfma-mno-fma4 -mno-xop -mbmi -m

   no-sgx -mbmi2 -mno-tbm -mavx -mavx2 -msse4.2-msse4.1 -mlzcnt -mno-r

   tm -mno-hle -mrdrnd -mf16c -mfsgsbase-mrdseed -mprfchw -madx -mfxsr

    -mxsave -mxsaveopt -mno-avx512f-mno-avx512er -mno-avx512cd -mno-av

   x512pf -mno-prefetchwt1 -mclflushopt-mxsavec -mxsaves -mno-avx512dq

    -mno-avx512bw -mno-avx512vl -mno-avx512ifma-mno-avx512vbmi -mno-av

   x5124fmaps -mno-avx5124vnniw -mno-clwb-mno-mwaitx -mno-clzero -mno-

   pku -mno-rdpid --param l1-cache-size=32--param l1-cache-line-size=6

   4 --param l2-cache-size=6144 -mtune=generic-m64 -g -O3 -Werror=alia

   sing -Werror=ampersand-Werror=c-binding-type -Werror=intrinsic-shad

   ow -Werror=intrinsics-std-Werror=line-truncation -Werror=tabs -Werr

   or=target-lifetime -Werror=underflow-Werror=unused-but-set-variable

    -Werror=unused-variable -Werror=unused-dummy-argument-Werror=conve

   rsion -Werror=zerotrip -Werror=uninitialized-Wno-maybe-uninitialize

   d -Wuse-without-only -std=f2008-fno-omit-frame-pointer -funroll-loo

   ps -ffree-form-fimplicit-none


运行一遍“source/home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/setup”再提交作业,提示相同错误。

以前用6.1版的没用修改环境变量啊。

从google上查了,没找到解决办法。
请高手指点。谢谢。

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喵星人

发表于 Post on 2020-10-9 10:55:54 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-10-9 10:57 编辑

Command'cp2k.popt' not found的原因是你没把可执行文件路劲加入环境变量。

把export PATH=$PATH:/home/wlc/cp2k-7.1/exe/local和你的mpi路劲加入.bashrc然后重新进入终端
source /home/wlc/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/setup是编译的时候提供需要的库的路经的,跟你运行不相关,而且你的source后面每空格

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 11:26:45 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 wanlichuan 于 2020-10-9 11:28 编辑

的确如此,这样就好了。非常感谢。


那个source是在编译的时候用的,这次发帖忘了加空格。谢谢指出。

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发表于 Post on 2022-11-30 15:12:18 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2020-10-9 10:55
Command'cp2k.popt' not found的原因是你没把可执行文件路劲加入环境变量。

把export PATH=$PATH:/home/ ...

老师 我安装之后没有.bashrc文件 是安装出错吗?

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Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-12-1 20:10:50 | 显示全部楼层 Show all
han- 发表于 2022-11-30 15:12
老师 我安装之后没有.bashrc文件 是安装出错吗?

.bashrc在系统用户路径下,不是软件的。比如ubuntu在~/.bashrc

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