为什么ligpargen网站生成的原子类型在opls力场包里找不到？

邱美佳 · 发表于 Post on 2020-10-10 08:50:26

我在Lipargen网站生成DME分子的itp，所有原子的原子类型都是编号八百多的。可是我查了opls的力场包，发现里面根本没有编号800多的原子类型。请问该如何解决？

naoki · 发表于 Post on 2020-10-10 09:32:53

Ligpargen会根据分子生成完整的力场参数，为了include时不和力场自带的原子类型冲突，所使用的都是新编号。
将Ligpargen生成的itp里atomtypes字段剪切到一个新建空itp文件里，include进top。

邱美佳 · 发表于 Post on 2020-10-10 09:43:40

naoki 发表于 2020-10-10 09:32
Ligpargen会根据分子生成完整的力场参数，为了include时不和力场自带的原子类型冲突，所使用的都是新编号。 ...

好的，非常感谢！我试试！

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2021-6-23 21:08:17

naoki 发表于 2020-10-10 09:32
Ligpargen会根据分子生成完整的力场参数，为了include时不和力场自带的原子类型冲突，所使用的都是新编号。 ...

你好，请问我想用Ligargen生成的itp文件，做成rtp文件，从而pdb2gmx进一步生成聚合物的top文件，这些原子类型与gromacs自带opls-aa力场包里面不一样，atomtype和atom的原子类型也书写的不一样，是把atomtype中的内容加到力场下的atomtype.atp中吗？那整理atom部分的时候是直接按照生成的opla_808,opla_801整理，还是需要自己修改一下【atoms】部分的原子类型吖？

naoki · 发表于 Post on 2021-6-24 12:19:31

哪有这么脆弱发表于 2021-6-23 21:08
你好，请问我想用Ligargen生成的itp文件，做成rtp文件，从而pdb2gmx进一步生成聚合物的top文件，这些原子 ...

额，我没这么操作过，你可以试试

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