gromacs能够修改源码自定义功能吗？

BBBcf · 发表于 Post on 2020-10-10 10:31:41

大家好，我最近想要使用gromacs实现一个功能，就是每跑完一定步数计算一次当前帧（蛋白质体系）的溶液可及性面积（SASA），如果达到要求就中断当前模拟。因此我想到是不是可以直接修改gromacs内部源码实现这样的条件函数，进行中断；或者说使用外部的一些插件来帮助我实现这一功能呢？鄙人对MD学习尚浅，觉得无计可施，望诸位大佬提一些思路～🙏

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-10-10 11:03:52

你只要想的话当然可以改

不过一般都是把轨迹存出来利用轨迹统计SASA

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-10-10 11:13:06

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-10-10 11:19 编辑

源码都有当然可以修改，但你要真的懂才行。
我提供一种间接的方式，写shell脚本：
通过实时检查输出log中的步数（即时间），当达到你需要的值或者时间时调用gmx sasa进行可及表面积的计算，如果达到要求，杀死模拟进程即可。

BBBcf · 发表于 Post on 2020-10-10 11:49:59

liuyuje714 发表于 2020-10-10 11:13
源码都有当然可以修改，但你要真的懂才行。
我提供一种间接的方式，写shell脚本：
通过实时检查输出log中 ...

嗯～多谢大佬，这的确是一种可行的方法，值得一试

BBBcf · 发表于 Post on 2020-10-10 11:52:22

fhh2626 发表于 2020-10-10 11:03
你只要想的话当然可以改

不过一般都是把轨迹存出来利用轨迹统计SASA

但是轨迹存出来就不是实时的控制了，我试试用shell监测

BBBcf · 发表于 Post on 2020-10-13 10:01:12

自顶～

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