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[GROMACS] 求助在运行gromacs时出现Too many LINCS warnings (13188)

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用MS建模生成的PS聚苯乙烯的pdb文件,然后用gromacs的editconf命令将pdb文件转成gro坐标文件,用gromacs预编译操作grompp可以生成tpr运行文件,但是在mdrun的时候出现了下面的LINCS错误,是为什么呢?立场文件应该是没问题的,因为之前用其他的gro坐标文件可以跑。

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发表于 Post on 2020-10-10 21:29:58 | 只看该作者 Only view this author


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Frozen-Penguin + 4
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发表于 Post on 2023-9-22 11:55:01 | 只看该作者 Only view this author
你好,我也是遇到同样的情况,是用MS扩胞,跑MD的,麻烦问一下你最后是怎么解决的,或者找到是什么原因造成这样的报错

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发表于 Post on 2024-8-24 16:12:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 李赛亚 于 2024-8-24 16:13 编辑

我把md.mdp里的dt从0.002改成了0.001,然后跑通了
用的代码gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 12

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