对于结构优化的困惑

li447fan · 发表于 Post on 2020-10-16 16:52:16

请问，为什么同一分子结构优化后的构型差别会如此巨大呢？文件1，初始构型来自于chemspider，我通过gaussian b3lyp-d3/6-311+G*优化的；文件2来自于pubchem QC project，网站标注是通过b3lyp/6-31G*优化。

danzhi.zip (223.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

000008181.b3lyp_6-31g(d).gjf (2.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-10-16 17:00:10

这种柔性分子势能面上有很多局部极小点，你优化只能得到和初猜最接近的那个局部极小点，至于气相中的全局极小点应该是压缩包里那种。

这种柔性分子比较有化结构意义不大，基本也就键长键角合理即可

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-16 21:11:11

000008181.b3lyp_6-31g(d)里的结构明显不合理。众所周知链不是特别长烃链，最稳定结构应当是直链的。B3LYP/6-31G*对于这种色散作用会严重影响构象的体系也不适用，见
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

pubchem QC上给出的结构不要当做参考标准。本身就是通过二维结构近似转化出来的三维结构批量优化的，都没有经过人工一一检验，可能都是定性错误的。

对于构象很多的柔性分子，如果没有切实证据表明最小点结构是什么样，应当用Molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）等程序做构象搜索。

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