packmol中fixed命令无法将分子固定在特定的位置

lining · 发表于 Post on 2020-10-20 21:23:49

sob老师您好，我在尝试用packmol建立一个水中苯的模型，苯分子位于水盒子中央，阅读了您构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法（http://sobereva.com/406）的博文，我使用fixed命令去构建模型，但苯分子一直出现在盒子的外部，请问您这是什么原因造成的啊？附件为水分子pdb文件、苯分子pdb文件、inp文件、packmol导出的pdb文件和模型vmd显示截图的压缩包。

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-10-20 22:17:16

12.5后面那个点不需要

lining · 发表于 Post on 2020-10-20 22:34:01

liuyuje714 发表于 2020-10-20 22:17
12.5后面那个点不需要

原来如此，非常感谢您，老师！

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