求助关于：No such moleculetype CD

huangfuxin · 发表于 Post on 2020-10-23 16:52:45

我想把原来一个包含Zn离子的体系中的Zn2+，替换成Cd2+，所以我直接修改了相应的gro，itp和top文件。我在top文件中定义了CD, 但是仍提示No such moleculetype CD。
ERROR 1 [file topol.top, line 53]:
No such moleculetype CD

请教一下：是我哪里改的不对呢？（已附上我的gro部分字段文件和拓扑文件）

qmlearner · 发表于 Post on 2020-10-23 16:59:30

residuetypes.dat里面没有你定义的CD吧。

huangfuxin · 发表于 Post on 2020-10-23 17:16:54

qmlearner 发表于 2020-10-23 16:59
residuetypes.dat里面没有你定义的CD吧。

在residuetypes.dat末尾插入了：
CD Ions

但是没解决问题

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-23 18:08:28

把CD.itp里多余空行去掉再试

huangfuxin · 发表于 Post on 2020-11-11 17:45:02

已解决
可能是我CD.itp的格式不好，也可能是一些未知错误；
我把离子itp里的内容直接粘贴在topol文件里不include，就解决了。

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-11 21:24:12

拓扑文件里面有一个include "cd.itp",需要手动添加

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