请教如何向溶液盒子里同时加入两种以上的离子（有新问题需要请教）

牧生

已经得到了CTAB离子的水溶液，向溶液中加入10个Br的 命令为


gmx genion -s CTAB.tpr -nname BR -nn 10 -p CTAB_GMX.top -o CTAB-b4em.gro              
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Will try to add 0 NA ions and 10 BR ions.                         （加入10个BR，没有问题）
Select a continuous group of solvent molecules
Group     0 (         System) has 16300 elements
Group     1 (          Other) has   620 elements
Group     2 (            MOL) has   620 elements
Group     3 (          Water) has 15680 elements
Group     4 (            SOL) has 15680 elements
Group     5 (      non-Water) has   620 elements






但是，如果我想向溶液中加入10 个K，使用命令为
gmx genion -s CTAB.tpr -pname K -nn 10 -p CTAB_GMX.top -o CTAB-b4em.gro
返回结果为
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Will try to add 0 K ions and 10 CL ions.                 （疑问在此：-pname K -nn 10，是加入10个带正电的K啊，但是返回结果是带负电的CL，说明我的写法是有错的？？？  找到原因了，其实应该为-pname K -np 10）
Select a continuous group of solvent molecules
Group     0 (         System) has 16300 elements
Group     1 (          Other) has   620 elements
Group     2 (            MOL) has   620 elements
Group     3 (          Water) has 15680 elements
Group     4 (            SOL) has 15680 elements
Group     5 (      non-Water) has   620 elements







如果使用
gmx genion -s CTAB.tpr -nname K -nn 10 -p CTAB_GMX.top -o CTAB-b4em.gro
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Will try to add 0 NA ions and 10 K ions.                  （疑问： -nname K -nn 10   这个命令，不是应该加入阴离子的吗？？？？）
Select a continuous group of solvent molecules
Group     0 (         System) has 16300 elements
Group     1 (          Other) has   620 elements
Group     2 (            MOL) has   620 elements
Group     3 (          Water) has 15680 elements
Group     4 (            SOL) has 15680 elements
Group     5 (      non-Water) has   620 elements



还有一个问题，如果需要同时向溶液中加入10个不同类型阴阳离子，命令是怎样的


gmx genion -s CTAB.tpr -p CTAB_GMX.top -o CTAB-b4em.gro -pname K -np 10 -nname BR -nn 10            （同时加入10个K和10个BR，本问题解决了）



下一个问题，如何再同时加入其余的离子，比如我想同时加入K,BR,CA,MG等，这个该怎么办



CTAB_GMX.top (547 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)

2020-10-25 16:08 上传 Uploaded

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CTAB.tpr (402.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2020-10-25 16:08 上传 Uploaded

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lao7

请先告诉我第一行：-nname BR -nn 10 是啥？

牧生

lao7 发表于 2020-10-26 12:22
请先告诉我第一行：-nname BR -nn 10 是啥？

加入阴离子的BR，数量为10个

lao7

牧生 发表于 2020-10-26 14:17
加入阴离子的BR，数量为10个

先需要又对应的Br的pdb和itp力场文件。gmx insert-molecules -ci Br.pdb -f **.gro -nmol 10 -o 1111.gro；-f是要加入的体系，1111.gro是加入后生成的体系。添加后，需要在拓扑文件topology.top后面增加添加的离子即格式。注意增加的Br离子名字和itp文件里面名字对应。

lao7

你那个-nname应该是-pname，命令错了

tzypla

请问你的钾离子和溴离子是什么建的，还有怎么获得他们的itp文件的

牧生

tzypla 发表于 2023-11-24 15:57
请问你的钾离子和溴离子是什么建的，还有怎么获得他们的itp文件的

最简单的方法，用gv画一个相应的原子，存为pdb，即可用packmol加入盒子中。
离子的参数，直接复制这文章的支撑即可
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

tzypla

牧生 发表于 2023-11-24 16:12
最简单的方法，用gv画一个相应的原子，存为pdb，即可用packmol加入盒子中。
离子的参数，直接复制这文章 ...

感谢回复，我的体系想加入磷酸根，请问也用gv构建然后packmol加入体系，磷元素还需要在拟合它的itp参数吗？

Starrymoon

我也是遇到这个问题，目前还没有解决，请问楼主解决了吗？

Ajl

tzypla 发表于 2023-11-24 17:30
感谢回复，我的体系想加入磷酸根，请问也用gv构建然后packmol加入体系，磷元素还需要在拟合它的itp参数吗 ...

把磷酸根当成一个整体插入，可以在分子绘制软件里画一个，然后用计算resp电荷的工具（ORCA+Multiwfn，卢老师博文里有提到）优化结果并计算下电荷，利用sobtop生成拓补文件（itp文件），利用gromacs自带的gmx insert-molecules命令插入到盒子里取代相应的水（然后自己改下拓补文件里磷酸根的数目）

牧生

Starrymoon 发表于 2025-2-18 16:24
我也是遇到这个问题，目前还没有解决，请问楼主解决了吗？

第10楼回复。
packmol也极度极度好用的。

Starrymoon

牧生 发表于 2025-2-18 21:18
第10楼回复。
packmol也极度极度好用的。

好的，谢谢您，我去试试